This error originates from a subprocess Termux matplotlib pandas 编译报错 以及 jupyter 安装问题

注意

自己备忘用，因此没有完整复现。

如果你参考的过程中遇到了问题，请你尝试自己解决——但是十分欢迎把问题、解决方法、文章重点补充、纠错之类的贴在评论区，比如这篇文章就是为了补充Termux安装与配置+python环境配置遇到的报错。

问题描述

参考一篇文章Termux安装与配置+python环境配置 做Termux使用配置的时候

遇到问题1：
matplotlib pandas 安装失败。
补充问题2：
jupyter 安装失败。 （见文末）
补充问题3：
openblas 与 libopenblas 冲突，致使libopenblas无法安装

两个东西安装共同点在于，报错点都在 Build 编译阶段

Installing Building Dependencies ...  \

Build半天，然后突然就是千行报错，内容咱也看不懂，编译链的各种依赖的问题。
基本注意到的内容就是（尾部的一部分）

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: subprocess-exited-with-error

× Getting requirements to build wheel did not run successfully.
│ exit code: 1
╰─> See above for output.

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.

问题吐槽

当然不是我们的问题，只是这俩东西就是太难装了。依赖问题，烦的一批。
也许官方给的英文Installation Guide不会出错，但只要看的是别人写的，配置文章就会有出错的可能不是吗。

国内有文章记录自己的解决方案，外网上则有好多关于它们的安装阶段出错的问答串。

好多人都吐槽说pip安装它们的可行依赖很不稳定，基本上这个月好使，下个月哪个部件更新了就又不好使了。也不知道是开发者团队的问题还是网上配置文章质量的问题。

知乎相关文章也有说明termux 23年如何成功安装下来的，但有些文章只说明了，如何从纯洁环境里安装得到结果。甚至要python都是干净的？？？我不可能因为这个卸载python丢掉所有前面配置安装了的模组吧，我不干！

解决办法 3步

版本记录

成功安装的版本：

python 3.11.6
pip 23.3.1
	numpy 1.23.2
		matplotlib 3.8.1
	
	Cython 3.0.5
	pytz 2023.3.post1
		pandas 2.1.2

1 清除pip缓存

rm -rf ~/.cache/pip

2 matplotlib 的成功安装

• 直接原因：
  23年和21年 matplotlib 安装依赖有差异。

对于matplotlib编译错误，我自己找到的解决办法见https://github.com/termux/termux-app/discussions/3444#discussioncomment-6394303讨论部分 Alekc74 的回答。

此处讨论也有关于大家对于 配置matplotlib 的各种看法 原因 及其他（没细看）。

This resolved it(wheel error for contourpy ninja dependency)

另外我自己加了两行 pkg install matplotlib 和 pkg uninstall matplotlib
后莫名其妙地解决了问题，成功安装matplotlib。

matplotlib补全依赖的命令

前置命令：根据Termux安装与配置+python环境配置的Python包安装与配置部分
配置好matplotlib本身的前置依赖包，即

# 配置pypi源
pip install pip -U
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
# 依赖项
pip install wheel
pip install setuptools --upgrade

# 2 Python包安装
# 安装numpy和scipy
# 添加第三方仓库
curl -LO https://its-pointless.github.io/setup-pointless-repo.sh
bash setup-pointless-repo.sh

# 从仓库安装numpy scipy
pkg install -y numpy scipy

# 安装lxml
# 安装lxml的依赖项
pkg install -y libxml2 libxslt

# 安装lxml
pip install lxml
安装pillow


# 安装pillow的依赖项
pkg install -y libjpeg-turbo libtiff 
pkg install -y littlecms tk libwebp libsodium

# 安装pillow
pip install pillow

# 安装matplotlib
# 安装matplotlib的依赖项
pkg install -y freetype libpng
pip install kiwisolver cycler 
pip install pyparsing python-dateutil

# 这时候执行下面会报错，那就对了
# pip install matplotlib

接着使用命令如下（可能不全，因为这之前有依赖过别的参考但是失败）

pip install wheel

pkg i ninja automake cmake binutils patchelf

pkg i libjpeg-turbo

pip install pillow

pip install setuptools==59.8.0

CFLAGS=-Wno-implicit-function-declaration MATHLIB=m pip install numpy==1.23.2

pip install meson

pip install meson-python

pip install pybind11

pip install --no-build-isolation pip install contourpy

pkg install matplotlib
pkg uninstall matplotlib

pip install matplotlib

之后安装、编译matplotlib成功。

3 pandas的成功安装

参考的就是原文，只不过我们已经在第2步顺带解决了依赖问题。 即

matplotlib补全依赖的命令
→

# 安装pandas
# 安装pandas的依赖项
pip install -y pytz cython

# 安装pandas
export CFLAGS="-Wno-deprecated-declarations -Wno-unreachable-code"
pip install pandas

也能正常安装pandas。

补充问题1： pip install jupyter 报错：

如果你也遇到 pip install jupyter 报错如下 （前半段报错。完整报错往往太长，且越往后越没有意义）

× pip subprocess to install build dependencies did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [58 lines of output]
      Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
      Collecting maturin<2.0,>=1.0
        Using cached https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/d6/a3/42ff26b2b3011ada67c73db32a9ccf9fa18d459cbef8ed6eefc3b283ee60/maturin-1.3.1.tar.gz (176 kB)                                              Installing build dependencies: started
        Installing build dependencies: finished with status 'done'
        Getting requirements to build wheel: started
        Getting requirements to build wheel: finished with status 'done'
        Preparing metadata (pyproject.toml): started
        Preparing metadata (pyproject.toml): finished with status 'done'
      Building wheels for collected packages: maturin
        Building wheel for maturin (pyproject.toml): started
        Building wheel for maturin (pyproject.toml): finished with status 'error'                                                           error: subprocess-exited-with-error

        × Building wheel for maturin (pyproject.toml) did not run successfully.                                                             │ exit code: 1
        ╰─> [35 lines of output]
            /data/data/com.termux/files/usr/tmp/pip-build-env-66jbi47_/overlay/lib/python3.11/site-packages/setuptools/config/_apply_pyprojecttoml.py:80: SetuptoolsWarning: `install_requires` overwritten in `pyproject.toml` (dependencies)
              corresp(dist, value, root_dir)                                  running bdist_wheel
            running build
            running build_py 
            creating build                                                    creating build/lib.linux-aarch64-cpython-311

            creating build/lib.linux-aarch64-cpython-311/maturin

            copying maturin/__init__.py -> build/lib.linux-aarch64-cpython-311/maturin

            copying maturin/__main__.py -> build/lib.linux-aarch64-cpython-311/maturin

            copying maturin/import_hook.py -> build/lib.linux-aarch64-cpython-311/maturin

            running egg_info 
            creating maturin.egg-info 
            writing maturin.egg-info/PKG-INFO 
            writing dependency_links to maturin.egg-info/dependency_links.txt

            writing requirements to maturin.egg-info/requires.txt

            writing top-level names to maturin.egg-info/top_level.txt

            writing manifest file 'maturin.egg-info/SOURCES.txt'              reading manifest file 'maturin.egg-info/SOURCES.txt'

            reading manifest template 'MANIFEST.in' 
            warning: no files found matching '*.json' under directory 'src/python_interpreter'

            writing manifest file 'maturin.egg-info/SOURCES.txt'


            running build_ext                                                 running build_rust


            error: can't find Rust compiler  

就会发现，第一段

	Building wheel for maturin (pyproject.toml): finished with status 'error'
error: subprocess-exited-with-error  

这里表示一个叫做maturin的组件编译错误。但是我们并不了解这个东西，尝试接着往下看。

第二段有很重要的信息，从

× Building wheel for maturin (pyproject.toml) did not run successfully. 

...
error: can't find Rust compiler        

error: can't find Rust compiler
ok， 这一句告诉我们，错误：没有找到Rust编译器。
很奇怪，那我们试一试安装一个Rust环境后再运行呢? 尝试后竟然可以了！

解决方案

# 安装rust环境    
pkg install rust             

# 然后再执行一次             
pip install jupyter      

# 成功后可以检查一下效果   
jupyter notebook  

补充问题3 ： openblas 和 libopenblas 矛盾，导致 libopenblas无法安装

安装jupyter前置 libzmq 之类的时候，发生的。
这个问题发生的也很莫名奇妙，情况如下

#  先是执行安装命令       
# 命令A 
~ pkg install libzmq           

# 遇到报错，然后 系统 建议我执行 `apt --fix-broken install`,  于是我照做

# 命令B       
~ apt --fix-broken install       

# 报错出现       
...
dpkg: error processing archive /data/data/com.termux/cache/apt/archives/libopenblas_0.3.24_aarch64.deb (--unpack): trying to overwrite '/data/data/com.termux/files/usr/lib/libopenblas.so', which is also in package openblas 0.3.15 
...

清空了termux的历史，因此完整报错找不到了。但解决办法就是出自这一句。

当我执行 命令B 的时候可以看到意思大概是说 apt 想给我安装一个 libopenblas 的版本为 0.3.24 的库，当它到unpack安装环节的时候，它想写入的文件/data/data/com.termux/files/usr/lib/libopenblas.so 是被现有的 openblas 的版本为 0.3.15 的库所持有的。
因此 dpkg 提醒我，正在尝试覆盖写入这个文件。

查看 openblas的来历

pkg list-all | grep openblas     

结果为

WARNING: apt does not have a stable CLI interface. Use with caution in scripts.

libopenblas/stable 0.3.24 aarch64      
openblas-static/termux 0.3.15 aarch64      
openblas/termux,now 0.3.15 aarch64 [installed,automatic]

看起来是不知道什么时候被自动安装的依赖，也许是termux自带的。

走了弯路

中间走了弯路，尝试卸载openblas再安装一下新的，结果麻烦的是已经安装的matplotlib还有python-numpy (这个貌似是termux自带的，不是numpy) 又依赖这个，单独卸载它们不行，两个一起卸载则可以。

但是并没有必要
因为发现还是会一直报错，还都是报错关于上面的overwrite问题，于是最后回到这个问题本身。

解决办法

参考

找到文章apt - dpkg error: “trying to overwrite file, which is also in…” - Ask Ubuntu，其中

• 解决办法1是比较简单粗暴——允许dpkg 对现存包的文件进行overwrite，这样可能会造成系统错误的风险；
• 解决方法2是回报bug report，但是这样要等待，而且问题难度将变为如何用英文正确提交bug report。

1

2

最后还是抱着风险，采取了解决办法1，目前可以解决我的问题，但属实无奈之举。

恳请有经验的大佬指点，更合适的办法应是如何。

解决办法如下：

# 允许libopenblas_0.3.24_aarch64.deb安装包对 与现存包相同文件(/data/data/com.termux/files/usr/lib/libopenblas.so)的 覆写

dpkg -i --force-overwrite /data/data/com.termux/cache/apt/archives/libopenblas_0.3.24_aarch64.deb


# 覆写后，重新用 apt修复          
apt --fix-broken install          

# 这时候可以再次安装 libzmq 等jupyter前置依赖。        
pkg install libzmq         
...
# （install jupyter 等后续步骤）    
pip install jupyter         

查看安装结果：

#  check 
pkg list-all | grep openblas   

输出如下，可见此时libopenblas已经安装。

WARNING: apt does not have a stable CLI interface. Use with caution in scripts.

libopenblas/stable,now 0.3.24 aarch64 [installed]
openblas-static/termux 0.3.15 aarch64
openblas/termux,now 0.3.15 aarch64 [installed,automatic]

但是再次强调，笔者不了解这样做的后果，只是临时解决问题不得已，如参考所说，有风险。
在特定评论告知前，请斟酌参考使用dpkg覆写的命令。