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RSS订阅原创 Maftools常用用法简介
maftools操作简介操作主要分为3步，首先需要将annovar的结果转换为maf格式，然后读入maf文件生成oncomatrix，最后根据需求生成对应的可视化图。常用函数annovarToMaf()annovarToMaf将Annovar注释的结果转换为maf格式，其他VCF结果也可以自行转换为maf格式。annovarToMaf(annovar, Center = NULL, re...
2020-01-03 20:54:28
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原创 vim 可视化操作
1. 选择多行拷贝按v键，上下选择多行，按Y键拷贝多行内容，选择要粘贴的位置，按P键2.选择多行删除光标所在行以下N行用Ndd即可删除N行3. 删除某列先将光标移动到要删除的列，按ctrl+V键，进入可视块模式，选择要删除的列，向下选择多行，删除键删除或X键删除4. 插入某列先将光标移动到要插入的列，按ctrl+V键，进入可视块模式，选择要插入内容的行，按下shift+...
2018-09-30 11:22:25
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原创 Shell脚本(一)
1. 特殊变量：$1 $2 表示脚本后接的参数值$# 参数的数量$@ 所有参数$0 脚本名$$ 进程号$? 退出码2. 条件判断： 2.1.if elif else语句:#!/bin/bashif [condition1] && [condition2];then text1elif [condition3]...
2018-08-14 20:42:23
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原创 Linux 命令行快捷按键
ctrl+B 左移光标ctrl+F 右移光标ctrl+P 查看上一条命令 （或上移光标）ctrl+N 查看下一条命令 （或下移光标）ctrl+A 移动光标至行首ctrl+E 移动光标至行尾ctrl+W 删除前一个词ctrl+U 删除从光标至行首的内容ctrl+K 删除从光标至行尾的内容ctrl+Y 粘贴已删除的文本...
2018-08-12 15:54:56
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原创 使用 tar 压缩和解压缩的常用参数
tar 常用参数：-A 新增文件到已压缩文件中-c 新建新压缩文件-r 将新文件添加到已压缩文件的末尾-x 解压缩文件-k 保留原压缩文件-f 待压缩或待解压缩文件-j bzip2格式-z gzip格式-v 显示过程 常用解压缩：tar -xzvf file.gztar -xjvf file.bz2常用压缩：tar -czvf archi...
2018-08-09 09:50:13
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原创 Perl shift unshift pop push 功能
shift: 取出数组最左边的元素，或者说取出数组开头的元素unshift: 往数组开头添加元素pop: 取出数组最右边的元素，或者说取出数组结尾的元素push: 往数组末尾添加元素...
2018-08-08 12:30:25
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原创 FastqC结果简介
拿到原始数据后我们采用fastqC程序进行质控，看原始数据质量情况，fastqC会生成一个html结果报告，根据图形化界面，我们可以判断下机数据情况是否符合分析要求，fastqC总结结果如下： FastqC有3种结果：绿色代表PASS；黄色代表WARN；红色代表FAIL。当出现黄色时说明需要查看结果。 Basic statistics是该fastq一些基本信息，主要有 Filename
2017-12-20 22:52:09
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空空如也
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