Maftools常用用法简介

最新推荐文章于 2024-09-02 11:21:53 发布

gateswell

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分类专栏：生物信息学基础

本文链接：https://blog.csdn.net/gateswell/article/details/103826087

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Maftools是一个用于分析和可视化癌症基因组数据的强大工具。本文介绍了如何将Annovar注释文件转换为MAF格式，通过read.maf()读取数据，然后利用plotmafSummary()、oncoplot()、plotTiTv()、somaticInteractions()和plotSignatures()等函数进行突变汇总、瀑布图、Ti/Tv比、基因交互事件和突变特征分析。每个函数的参数及其作用也进行了详细说明，帮助用户更好地理解和应用Maftools。

摘要由CSDN通过智能技术生成

maftools操作简介

操作主要分为3步，首先需要将annovar的结果转换为maf格式，然后读入maf文件生成oncomatrix，最后根据需求生成对应的可视化图。

常用函数

annovarToMaf()

annovarToMaf将Annovar注释的结果转换为maf格式，其他VCF结果也可以自行转换为maf格式。

annovarToMaf(annovar, Center = NULL, refBuild = "hg19", tsbCol = NULL, table = "refGene", ens2hugo = TRUE, basename = NULL, sep = "\t", MAFobj = FALSE, sampleAnno = NULL)

annovar：输入的Annovar注释文件，可为多文件
refBuild=“hg19”： NCBI_Build field in MAF file will be filled with this value. Default hg19
Center=NULL： Center field in MAF file will be filled with this value. Default NA
table=“refGene”：参考的基因注释表，有"ensGene"和"refGene"，默认"refGene"
basename=NULL：输出的MAF文件名前缀
sep="\t"：输入文件的分隔符，默认制表符
MAFobj=FALSE: 设定为TRUE时返回的结果是MAF对象
tsbCol=NULL：列名包含Tumor_Sample_Barcode或输入文件中的示例名称

read.maf()

read.maf()读入制表符分隔的maf文件（可gz压缩），生成oncomatrix，用于后续可视化。

read.maf(maf, clinicalData = NULL, removeDuplicatedVariants = TRUE, useAll = TRUE, gisticAllLesionsFile = NULL, gisticAmpGenesFile = NULL, gisticDelGenesFile = NULL, gisticScoresFile = NULL, cnLevel = "all", cnTable = NULL, isTCGA = FALSE, vc_nonSyn = NULL, verbose = TRUE