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生物信息学基础
文章平均质量分 74
gateswell
这个作者很懒,什么都没留下…
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Maftools常用用法简介
maftools操作简介操作主要分为3步,首先需要将annovar的结果转换为maf格式,然后读入maf文件生成oncomatrix,最后根据需求生成对应的可视化图。常用函数annovarToMaf()annovarToMaf将Annovar注释的结果转换为maf格式,其他VCF结果也可以自行转换为maf格式。annovarToMaf(annovar, Center = NULL, re...原创 2020-01-03 20:54:28 · 6888 阅读 · 0 评论 -
FastqC结果简介
拿到原始数据后我们采用fastqC程序进行质控,看原始数据质量情况,fastqC会生成一个html结果报告,根据图形化界面,我们可以判断下机数据情况是否符合分析要求,fastqC总结结果如下: FastqC有3种结果:绿色代表PASS;黄色代表WARN;红色代表FAIL。当出现黄色时说明需要查看结果。 Basic statistics是该fastq一些基本信息,主要有 Filename原创 2017-12-20 22:52:09 · 25035 阅读 · 2 评论