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python
Gentlezzx
这个作者很懒,什么都没留下…
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使用pysam读取DNA序列
先创建一个读对象:fasta_open = pysam.Fastafile(fasta_file)读出来的DNA序列是字符串的格式:seq_dna = fasta_open.fetch('chr1', 0, 100)# output:'NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'将序列转为one-hot编码:'''A: [1, 0,原创 2022-03-31 15:22:45 · 512 阅读 · 0 评论 -
samtools从fastq到bam再到bigwig(bw)
首先需要使用bowtie2和samtools将fastq序列比对到参考基因组上,生成.bam文件:单末端:"bowtie2 -p 10 -x mm10-U input.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam双末端:bowtie2 -p 10 -x mm10-1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam这里的mm10是bow原创 2021-12-03 09:42:49 · 4199 阅读 · 2 评论 -
当python set()中对象为字符串时
python会将字符串看作是一个列表set('abcd'){'a', 'b', 'c', 'd'}原创 2021-04-20 11:08:16 · 671 阅读 · 0 评论 -
《python笔记一》-sort关键字排序
python在2.4版本之后加入了使用关键字排序的功能。sort()以及sorted()均可使用关键字排序。在2.6版本后python简化了关键字排序的使用方法,主要分为三类关键字使用方法:from operater import *# 假装我创建了一个类,里边有name,grade,age属性。student = [('xiaoliu', 'A',17),('xiaozhang','A',15), ('xiaobai', 'B', 10), ('xiaolan', 'B', 12)]# 根据索引原创 2021-04-20 09:38:44 · 783 阅读 · 0 评论