samtools从fastq到bam再到bigwig（bw）

首先需要使用bowtie2和samtools将fastq序列比对到参考基因组上，生成.bam文件：
单末端：

"bowtie2 -p 10 -x mm10-U input.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam

双末端：

bowtie2 -p 10 -x mm10-1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam

这里的mm10是bowtie提供的参考序列，mm10是参考序列的通用名（就是压缩包内的多个文件都以mm10开头），这里和hhblits的参考序列应用格式很像，下载方法如下：

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/mm10.zip
unzip mm10.zip
make_mm10.sh

想要使用deeptools生成bigwig文件还需要对.bam文件建立索引：

samtools index filename.bam

最后使用deeptools中的bamCoverage生成bigwig文件。这里需要注意的是如果是单端的序列，需要指定extendReads。

bamCoverage --bam filename.bam.sorted -o filename.bw --extendReads -bs 1 --normalizeUsing RPKM