psi-pred安装及预测蛋白质二级结构

整理一下自己安装并调试psi-pred的过程
首先，安装psi-pred需要psi-blast+以及psi-blast±legacy
安装sudo apt install psi-blast+-legacy应该就可以，由于我的电脑上已经有blast所以后面缺文件时直接安装的legacy。

然后安装psi-pred

wget http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/psipred/psipred.4.02.tar.gz  
tar -xzvf psipred.4.02.tar.gz  
cd psipred/src
make
make install

然后在BLAST+/文件夹下生成数据库

wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz
makeblastdb -dbtype prot -in uniref90filt -out uniref90filt

也可以用简单的数据库ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz，文件名字改成uniref90filt就可以了
然后运行的时候要在BLAST+/下运行

./runpsipredplus 输入 输出