McCortex 项目教程

McCortex 项目教程

mccortexDe novo genome assembly and multisample variant calling项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mc/mccortex

1. 项目的目录结构及介绍

mccortex/
├── bin/
│   ├── mccortex31
│   ├── mccortex63
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── MCOutbryk.py
│   ├── ...
├── src/
│   ├── cortex.c
│   ├── ...
├── Makefile
├── README.md
├── LICENSE
└── ...

目录结构介绍

• bin/: 包含编译后的可执行文件，如 mccortex31 和 mccortex63。
• scripts/: 包含项目的脚本文件，如 MCOutbryk.py，用于执行特定的任务。
• src/: 包含项目的源代码文件，如 cortex.c，是项目的主要代码库。
• Makefile: 项目的构建文件，用于编译项目。
• README.md: 项目的介绍文件，包含项目的基本信息和使用说明。
• LICENSE: 项目的许可证文件，说明项目的开源许可类型。

2. 项目的启动文件介绍

启动文件

• bin/mccortex31 和 bin/mccortex63: 这是项目的主要可执行文件，分别用于处理不同大小的 k-mer。

启动步骤

1. 下载并编译项目：

   git clone --recursive https://github.com/mcveanlab/mccortex.git
   cd mccortex
   make all MAXK=31
   make all MAXK=63
   

2. 将可执行文件添加到系统路径：

   export PATH=$PATH:$(pwd)/bin
   

3. 执行项目：

   mccortex31 --help
   

3. 项目的配置文件介绍

配置文件

• Makefile: 这是项目的构建配置文件，用于编译项目。

Makefile 配置

• MAXK: 用于指定 k-mer 的大小，可以选择 31 或 63。
• all: 编译所有目标文件。

示例

# 编译最大 k-mer 大小为 31 的版本
make all MAXK=31

# 编译最大 k-mer 大小为 63 的版本
make all MAXK=63

通过以上步骤，您可以成功编译并运行 McCortex 项目。

mccortexDe novo genome assembly and multisample variant calling项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mc/mccortex