McCortex 项目使用教程

McCortex 项目使用教程

mccortexDe novo genome assembly and multisample variant calling项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mc/mccortex

1. 项目介绍

McCortex 是一个用于从头基因组组装和多样本变异调用的开源工具。它基于 De Bruijn 图构建，能够处理从细菌到哺乳动物的基因组数据。McCortex 由 Isaac Turner 重写，旨在更好地处理大规模群体的基因组组装，并提供一组模块化的命令。

主要功能

• 从头基因组组装：支持多样本的从头基因组组装。
• 变异调用：支持有参考基因组和无参考基因组的变异调用。
• 多物种支持：适用于从细菌到哺乳动物的基因组数据。

项目地址

• GitHub: https://github.com/mcveanlab/mccortex

2. 项目快速启动

安装依赖

在 macOS 上：

brew update
brew install xz

在 Linux 上：

sudo apt install liblzma-dev libbz2-dev
sudo apt install r-base-core  # 如果你想使用 R 进行绘图

下载和编译 McCortex

git clone --recursive https://github.com/mcveanlab/mccortex
cd mccortex
make all MAXK=31
make all MAXK=63

添加到环境变量

将 mccortex63 二进制文件和 mccortex/scripts 文件夹添加到你的 PATH 中。

执行示例

在包含 Illumina fastq.gz 文件的文件夹中执行管道。创建一个包含样本名称的单列列表，并选择一个合适的参考序列。

MCOutbryk.py -h
MCOutbryk.py --reference REFERENCE --sample_list SAMPLE_LIST --results_dir RESULTS_DIR

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

McCortex 可以用于多种基因组数据的分析，包括但不限于：

• 细菌基因组组装：从头组装细菌基因组，并进行变异调用。
• 哺乳动物基因组组装：处理高度分化的基因组数据，进行大规模群体的基因组组装。

最佳实践

1. 选择合适的 k-mer 大小：根据数据类型选择合适的 k-mer 大小（31 或 63）。
2. 使用参考基因组：在进行变异调用时，使用参考基因组可以提高准确性。
3. 多线程优化：利用多线程优化组装和变异调用过程。

4. 典型生态项目

相关项目

• htslib：用于处理高通量测序数据的库，McCortex 依赖于 htslib 进行数据处理。
• bcftools：用于处理 VCF 文件的工具，McCortex 生成的变异数据可以使用 bcftools 进行进一步分析。
• samtools：用于处理 SAM/BAM 文件的工具，McCortex 生成的比对数据可以使用 samtools 进行进一步分析。

生态系统集成

McCortex 可以与其他基因组分析工具集成，形成一个完整的基因组分析流程。例如，可以使用 McCortex 进行基因组组装，然后使用 bcftools 和 samtools 进行变异调用和比对数据的分析。

---

通过以上步骤，你可以快速上手 McCortex 项目，并利用其强大的功能进行基因组数据的分析。

mccortexDe novo genome assembly and multisample variant calling项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mc/mccortex