ggseg：用R轻松绘制脑图谱

ggseg：用R轻松绘制脑图谱

ggseg Plotting tool for brain atlases, in ggplot 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gg/ggseg

项目介绍

ggseg 是一个基于 ggplot2 的 R 包，专门用于绘制脑图谱。它通过简单的几何图形（simple features）实现了脑图谱的可视化，使得研究人员可以直接在 R 环境中绘制脑部区域的分析结果，而无需切换到其他脑成像软件。ggseg 提供了多个内置的脑图谱，包括 Desikan-Killiany 图谱和自动皮层下分割图谱，并且支持用户自定义图谱。

项目技术分析

ggseg 的核心技术是基于 ggplot2 的扩展，通过 geom_brain 几何对象来绘制脑图谱。它利用了 R 的 sf 包来处理地理空间数据，使得脑图谱的绘制更加高效和灵活。此外，ggseg 还支持 3D 脑图谱的绘制，通过 ggseg3d 包实现，进一步扩展了其应用范围。

项目及技术应用场景

ggseg 适用于多种脑成像数据的分析和可视化场景，包括但不限于：

• 神经科学研究：研究人员可以使用 ggseg 直接在 R 中绘制脑部区域的激活图、功能连接图等。
• 临床研究：医生和研究人员可以使用 ggseg 来可视化患者的脑部结构变化，辅助诊断和治疗。
• 教育与科普：教育工作者和科普作者可以使用 ggseg 来创建交互式的脑图谱，帮助公众理解脑部结构和功能。

项目特点

• 集成性强：ggseg 无缝集成在 R 环境中，用户无需切换软件即可完成脑图谱的绘制。
• 灵活性高：支持多种内置图谱，并允许用户自定义图谱，满足不同研究需求。
• 易于使用：提供了详细的文档和示例代码，即使是初学者也能快速上手。
• 社区支持：项目活跃在 GitHub 上，用户可以通过提交问题或请求新功能来参与项目的发展。

安装与使用

ggseg 可以通过 CRAN 或 GitHub 安装。以下是安装步骤：

# 从 CRAN 安装
install.packages("ggseg")

# 从 GitHub 安装开发版本
install.packages("remotes")
remotes::install_github("ggseg/ggseg")

安装完成后，您可以通过以下代码加载并使用 ggseg：

library(ggseg)
library(ggplot2)

# 绘制 Desikan-Killiany 图谱
plot(dk)

# 绘制自动皮层下分割图谱
plot(aseg)

示例代码

以下是一个简单的示例，展示如何将自定义数据投影到脑图谱上：

library(dplyr)

someData <- tibble(
  region = rep(c("transverse temporal", "insula", "precentral", "superior parietal"), 2), 
  p = sample(seq(0, .5, .001), 8),
  groups = c(rep("g1", 4), rep("g2", 4))
)

someData %>%
  group_by(groups) %>%
  ggplot() +
  geom_brain(atlas = dk, 
             position = position_brain(hemi ~ side),
             aes(fill = p)) +
  facet_wrap(~groups)

结语

ggseg 是一个功能强大且易于使用的脑图谱绘制工具，它极大地简化了脑成像数据的可视化流程。无论您是神经科学研究人员、临床医生还是教育工作者，ggseg 都能为您提供高效、灵活的脑图谱绘制解决方案。立即尝试 ggseg，体验 R 中的脑图谱绘制魅力吧！

ggseg Plotting tool for brain atlases, in ggplot 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gg/ggseg