开源项目 e2efold 使用教程

开源项目 e2efold 使用教程

e2efoldpytorch implementation for "RNA Secondary Structure Prediction By Learning Unrolled Algorithms"项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/e2/e2efold

1. 项目的目录结构及介绍

e2efold
|___e2efold # 源代码
|___e2efold_productive # 用于处理新序列的生产代码
|___data # 数据
| |___archiveII_all
| |___rnastralign_all_600
| |___rnastralign_all
| |___preprocess_archiveii.py # 仅作为参考，无需运行
|___models_ckpt # 训练好的模型
|___results
| |___experiment_archiveii
| |___experiment_rnastralign
|___slides_and_articles # 与项目相关的幻灯片和文章

目录结构介绍

• e2efold: 包含项目的源代码。
• e2efold_productive: 包含用于处理新序列的生产代码。
• data: 包含项目所需的数据文件。
  • archiveII_all: 数据文件夹，包含 archiveII 数据。
  • rnastralign_all_600: 数据文件夹，包含 rnastralign 数据。
  • rnastralign_all: 数据文件夹，包含 rnastralign 数据。
  • preprocess_archiveii.py: 数据预处理脚本，仅作为参考，无需运行。
• models_ckpt: 包含训练好的模型文件。
• results: 包含实验结果。
  • experiment_archiveii: archiveII 实验结果。
  • experiment_rnastralign: rnastralign 实验结果。
• slides_and_articles: 包含与项目相关的幻灯片和文章。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常位于 e2efold 目录下。具体文件名可能因版本更新而有所变化，但通常会包含以下几个关键文件：

• main.py: 主启动文件，用于启动整个项目。
• train.py: 用于训练模型的脚本。
• predict.py: 用于预测新序列的脚本。

启动文件介绍

• main.py: 该文件是项目的入口点，负责初始化配置、加载数据和启动训练或预测过程。
• train.py: 该文件包含训练模型的具体逻辑，包括数据加载、模型定义、损失函数和优化器等。
• predict.py: 该文件用于对新输入的 RNA 序列进行预测，输出预测结果。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件通常位于 e2efold 目录下，常见的配置文件包括：

• config.yaml: 包含项目的各种配置参数，如数据路径、模型参数、训练参数等。
• requirements.txt: 列出了项目运行所需的所有依赖包及其版本。

配置文件介绍

• config.yaml: 该文件定义了项目的各种配置参数，包括数据路径、模型参数、训练参数等。通过修改该文件，可以调整项目的运行行为。
• requirements.txt: 该文件列出了项目运行所需的所有依赖包及其版本，确保项目在不同环境中的一致性。

通过以上介绍，您应该对开源项目 e2efold 的目录结构、启动文件和配置文件有了基本的了解。希望这份教程能帮助您更好地使用和理解该项目。

e2efoldpytorch implementation for "RNA Secondary Structure Prediction By Learning Unrolled Algorithms"项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/e2/e2efold