开源项目 e2efold 使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
e2efold
|___e2efold # 源代码
|___e2efold_productive # 用于处理新序列的生产代码
|___data # 数据
| |___archiveII_all
| |___rnastralign_all_600
| |___rnastralign_all
| |___preprocess_archiveii.py # 仅作为参考,无需运行
|___models_ckpt # 训练好的模型
|___results
| |___experiment_archiveii
| |___experiment_rnastralign
|___slides_and_articles # 与项目相关的幻灯片和文章
目录结构介绍
e2efold
: 包含项目的源代码。e2efold_productive
: 包含用于处理新序列的生产代码。data
: 包含项目所需的数据文件。archiveII_all
: 数据文件夹,包含 archiveII 数据。rnastralign_all_600
: 数据文件夹,包含 rnastralign 数据。rnastralign_all
: 数据文件夹,包含 rnastralign 数据。preprocess_archiveii.py
: 数据预处理脚本,仅作为参考,无需运行。
models_ckpt
: 包含训练好的模型文件。results
: 包含实验结果。experiment_archiveii
: archiveII 实验结果。experiment_rnastralign
: rnastralign 实验结果。
slides_and_articles
: 包含与项目相关的幻灯片和文章。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件通常位于 e2efold
目录下。具体文件名可能因版本更新而有所变化,但通常会包含以下几个关键文件:
main.py
: 主启动文件,用于启动整个项目。train.py
: 用于训练模型的脚本。predict.py
: 用于预测新序列的脚本。
启动文件介绍
main.py
: 该文件是项目的入口点,负责初始化配置、加载数据和启动训练或预测过程。train.py
: 该文件包含训练模型的具体逻辑,包括数据加载、模型定义、损失函数和优化器等。predict.py
: 该文件用于对新输入的 RNA 序列进行预测,输出预测结果。
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件通常位于 e2efold
目录下,常见的配置文件包括:
config.yaml
: 包含项目的各种配置参数,如数据路径、模型参数、训练参数等。requirements.txt
: 列出了项目运行所需的所有依赖包及其版本。
配置文件介绍
config.yaml
: 该文件定义了项目的各种配置参数,包括数据路径、模型参数、训练参数等。通过修改该文件,可以调整项目的运行行为。requirements.txt
: 该文件列出了项目运行所需的所有依赖包及其版本,确保项目在不同环境中的一致性。
通过以上介绍,您应该对开源项目 e2efold
的目录结构、启动文件和配置文件有了基本的了解。希望这份教程能帮助您更好地使用和理解该项目。