Sciluigi 开源项目教程

Sciluigi 开源项目教程

sciluigiA light-weight wrapper library around Spotify's Luigi workflow library to make writing scientific workflows more fluent, flexible and modular项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/sciluigi

1. 项目的目录结构及介绍

Sciluigi 项目的目录结构如下：

sciluigi/
├── examples/
│   ├── example_workflow.py
│   └── ...
├── sciluigi/
│   ├── __init__.py
│   ├── interface.py
│   ├── task.py
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_sciluigi.py
│   └── ...
├── setup.py
└── README.md

• examples/：包含示例工作流的目录。
• sciluigi/：核心代码目录，包含任务和接口的实现。
• tests/：测试代码目录。
• setup.py：项目安装脚本。
• README.md：项目说明文档。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常是 examples/example_workflow.py。这个文件展示了如何使用 Sciluigi 构建和运行一个工作流。

import sciluigi

class MyWorkflow(sciluigi.WorkflowTask):
    def workflow(self):
        # 定义工作流步骤
        step1 = self.new_task('step1', MyTask1)
        step2 = self.new_task('step2', MyTask2, input1=step1.output)
        return step2

if __name__ == '__main__':
    sciluigi.run_workflow(MyWorkflow)

3. 项目的配置文件介绍

Sciluigi 项目本身没有特定的配置文件，但可以通过环境变量或自定义配置文件来配置工作流的参数。例如，可以在工作流脚本中读取配置文件：

import yaml

with open('config.yaml', 'r') as f:
    config = yaml.safe_load(f)

class MyWorkflow(sciluigi.WorkflowTask):
    def workflow(self):
        # 使用配置参数
        param1 = config['param1']
        step1 = self.new_task('step1', MyTask1, param1=param1)
        step2 = self.new_task('step2', MyTask2, input1=step1.output)
        return step2

配置文件 config.yaml 示例：

param1: value1
param2: value2

通过这种方式，可以灵活地配置和调整工作流的参数。

sciluigiA light-weight wrapper library around Spotify's Luigi workflow library to make writing scientific workflows more fluent, flexible and modular项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/sciluigi