Microbiome Helper 项目使用教程

Microbiome Helper 项目使用教程

microbiome_helperA repository of bioinformatic scripts, SOPs, and tutorials for analyzing microbiome data. 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/microbiome_helper

1. 项目的目录结构及介绍

Microbiome Helper 是一个用于处理和自动化微生物组和元基因组生物信息学工具的集合。以下是该项目的主要目录结构及其介绍：

microbiome_helper/
├── .gitignore
├── Illumina-customfusionprimers-template.xlsx
├── LICENSE
├── README.md
├── biom_to_stamp.py
├── concat_lanes.pl
├── concat_paired_end.pl
├── fix_spf.py
├── metaphlan2_stamp_to_biom.py
├── metaphlan_to_stamp.pl
├── plot_metagenome_contributions.R
├── run_pear.pl
└── ...

• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• Illumina-customfusionprimers-template.xlsx: Illumina 定制融合引物模板。
• LICENSE: 项目许可证，采用 GPL-3.0 许可证。
• README.md: 项目说明文档。
• biom_to_stamp.py: 将 BIOM 格式转换为STAMP 格式的脚本。
• concat_lanes.pl: 合并 lanes 的 Perl 脚本。
• concat_paired_end.pl: 合并 paired-end 数据的 Perl 脚本。
• fix_spf.py: 修复 SPF 文件的 Python 脚本。
• metaphlan2_stamp_to_biom.py: 将 MetaPhlAn2 结果转换为 BIOM 格式的 Python 脚本。
• metaphlan_to_stamp.pl: 将 MetaPhlAn 结果转换为 STAMP 格式的 Perl 脚本。
• plot_metagenome_contributions.R: 绘制元基因组贡献的 R 脚本。
• run_pear.pl: 运行 PEAR 的 Perl 脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 README.md，它包含了项目的概述、安装指南、使用教程和常见问题解答。用户在启动项目时，应首先阅读此文件以了解项目的基本信息和使用方法。

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有明确的配置文件，但用户在使用各个脚本时可能需要根据具体情况进行参数配置。例如，在使用 biom_to_stamp.py 时，可能需要指定输入和输出文件的路径，以及其他相关参数。

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以上是 Microbiome Helper 项目的基本使用教程，希望对您有所帮助。如有任何问题，请参考项目的官方文档或联系项目维护者。

microbiome_helperA repository of bioinformatic scripts, SOPs, and tutorials for analyzing microbiome data. 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/microbiome_helper