VarDict 开源项目教程
VarDictVarDict项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/va/VarDict
1. 项目的目录结构及介绍
VarDict 项目的目录结构如下:
VarDict/
├── README.md
├── LICENSE
├── vardict.pl
├── vardict2vcf.pl
├── vardict2mut.pl
├── vardict2sgz.pl
├── vardict_sv.pl
├── vcf2txt.pl
├── waitVardict.pl
├── scripts/
│ ├── filter.pl
│ ├── split_Bed.pl
│ └── ...
├── test/
│ ├── test.bam
│ ├── test.vcf
│ └── ...
└── ...
目录介绍
README.md
: 项目介绍和使用说明。LICENSE
: 项目许可证。vardict.pl
: 主启动文件。vardict2vcf.pl
: 将 VarDict 输出转换为 VCF 格式。vardict2mut.pl
: 将 VarDict 输出转换为 MUT 格式。vardict2sgz.pl
: 将 VarDict 输出转换为 SGZ 格式。vardict_sv.pl
: 用于结构变异检测。vcf2txt.pl
: 将 VCF 文件转换为文本格式。waitVardict.pl
: 用于等待 VarDict 完成。scripts/
: 包含一些辅助脚本。test/
: 包含测试文件。
2. 项目的启动文件介绍
vardict.pl
vardict.pl
是 VarDict 项目的主启动文件,用于执行变异检测。其主要功能包括:
- 读取 BAM 文件。
- 进行变异检测。
- 输出变异结果。
使用方法:
perl vardict.pl -h
vardict2vcf.pl
vardict2vcf.pl
用于将 VarDict 的输出转换为 VCF 格式。使用方法:
perl vardict2vcf.pl -h
3. 项目的配置文件介绍
VarDict 项目没有明确的配置文件,但可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的命令行参数:
-b <BAM file>
: 指定输入的 BAM 文件。-G <reference genome>
: 指定参考基因组。-f <allele frequency>
: 指定等位基因频率阈值。-c <column>
: 指定 BED 文件的列。
示例:
perl vardict.pl -b test.bam -G hg19 -f 0.01 -c 1 -S 2 -E 3 -g 4
以上是 VarDict 开源项目的简要教程,更多详细信息请参考项目官方文档和 GitHub 页面。
VarDictVarDict项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/va/VarDict