VarDict 开源项目教程

于 2024-09-01 09:10:12 发布
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VarDict 开源项目教程

VarDictVarDict项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/va/VarDict

1. 项目的目录结构及介绍

VarDict 项目的目录结构如下：

VarDict/
├── README.md
├── LICENSE
├── vardict.pl
├── vardict2vcf.pl
├── vardict2mut.pl
├── vardict2sgz.pl
├── vardict_sv.pl
├── vcf2txt.pl
├── waitVardict.pl
├── scripts/
│   ├── filter.pl
│   ├── split_Bed.pl
│   └── ...
├── test/
│   ├── test.bam
│   ├── test.vcf
│   └── ...
└── ...

目录介绍

  • README.md: 项目介绍和使用说明。
  • LICENSE: 项目许可证。
  • vardict.pl: 主启动文件。
  • vardict2vcf.pl: 将 VarDict 输出转换为 VCF 格式。
  • vardict2mut.pl: 将 VarDict 输出转换为 MUT 格式。
  • vardict2sgz.pl: 将 VarDict 输出转换为 SGZ 格式。
  • vardict_sv.pl: 用于结构变异检测。
  • vcf2txt.pl: 将 VCF 文件转换为文本格式。
  • waitVardict.pl: 用于等待 VarDict 完成。
  • scripts/: 包含一些辅助脚本。
  • test/: 包含测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

vardict.pl

vardict.pl 是 VarDict 项目的主启动文件，用于执行变异检测。其主要功能包括：

  • 读取 BAM 文件。
  • 进行变异检测。
  • 输出变异结果。

使用方法：

perl vardict.pl -h

vardict2vcf.pl

vardict2vcf.pl 用于将 VarDict 的输出转换为 VCF 格式。使用方法：

perl vardict2vcf.pl -h

3. 项目的配置文件介绍

VarDict 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的命令行参数：

  • -b <BAM file>: 指定输入的 BAM 文件。
  • -G <reference genome>: 指定参考基因组。
  • -f <allele frequency>: 指定等位基因频率阈值。
  • -c <column>: 指定 BED 文件的列。

示例：

perl vardict.pl -b test.bam -G hg19 -f 0.01 -c 1 -S 2 -E 3 -g 4

以上是 VarDict 开源项目的简要教程，更多详细信息请参考项目官方文档和 GitHub 页面。

VarDictVarDict项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/va/VarDict

蔡怀权
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