BRMS 包安装与使用指南
BRMS 是一个基于 Stan 的 R 包,用于贝叶斯广义(非)线性多变量多层次模型的建模。以下是一份简要的安装与入门教程。
1. 项目目录结构及介绍
由于 BRMS 是一个 R 包,其主要的源代码、文档和示例数据都存储在 GitHub 仓库的不同分支和文件夹中。以下是关键组件的一般结构:
R/
:R 函数源代码。inst/
:包安装时复制到安装目录的额外文件,包括数据集和示例脚本。man/
:R 参考手册的.Rd
文件。vignettes/
:详细的使用说明和示例Vignettes。DESCRIPTION
:包元数据,包含版本信息、依赖项等。NAMESPACE
:包的命名空间定义。
2. 项目的启动文件介绍
在 R 中,启动 BRMS 包通常通过运行 library(brms)
来完成。这会加载所有必要的函数和数据,使你可以立即开始使用该包进行模型拟合。
一旦包被加载,你可以使用如 brm()
这样的核心函数来构建和估计模型。例如,一个简单的泊松回归模型可以通过以下代码实现:
model <- brm(counts ~ treatment + (1 | patient), family = poisson)
这里 counts
是响应变量,treatment
是因子变量,(1 | patient)
指定了层次结构(每位患者的数据)。
3. 项目的配置文件介绍
BRMS 包本身不需要配置文件,因为它的设置主要是通过 R 函数的参数控制。不过,你可能会用到 R 的全局选项,比如在创建 Stan 模型时调整采样设置或编译选项。这些可以使用 options()
函数设置,例如:
options(stan_threads = TRUE) # 启用多线程
options(mc.cores = parallel::detectCores()) # 使用所有可用的核心
对于自定义 Stan 模型的编译路径或临时文件位置,你可以在使用 brm()
前通过 stan_options()
设置。例如:
stan_options(tempdir = "/path/to/custom/tempdir")
以上就是 BRMS 包的基本安装和使用介绍。要深入学习,建议查看包的Vignettes、参考手册以及 Paul Buerkner 在 GitHub 和其他论坛上提供的资源。