STU-Net 开源项目使用教程

STU-Net 开源项目使用教程

STU-NetThe largest pre-trained medical image segmentation model (1.4B parameters) based on the largest public dataset (>100k annotations), up until April 2023.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STU-Net

1. 项目的目录结构及介绍

STU-Net 项目的目录结构如下：

STU-Net/
├── assets/
│   └── ...
├── LICENSE
├── README.md
├── run_finetuning.py
├── config/
│   └── ...
└── ...

• assets/: 包含项目相关的资源文件。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的主文档，包含项目介绍、使用说明等。
• run_finetuning.py: 项目的启动文件之一，用于微调模型。
• config/: 包含项目的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

run_finetuning.py

run_finetuning.py 是 STU-Net 项目的主要启动文件之一，用于在下游任务上进行模型微调。使用方法如下：

python run_finetuning.py 3d_fullres STUNetTrainer_base_ft TASKID FOLD -pretrained_weights MODEL

• 3d_fullres: 表示三维全分辨率模式。
• STUNetTrainer_base_ft: 表示使用的训练器。
• TASKID: 任务ID。
• FOLD: 交叉验证的折数。
• -pretrained_weights MODEL: 预训练模型的路径。

3. 项目的配置文件介绍

config/ 目录

config/ 目录包含项目的各种配置文件，例如模型参数、训练参数等。具体文件如下：

• config.yaml: 主配置文件，包含模型和训练的基本参数。
• dataset_config.yaml: 数据集配置文件，包含数据集路径、预处理参数等。
• trainer_config.yaml: 训练器配置文件，包含训练过程中的参数设置。

每个配置文件的具体内容可以根据项目需求进行调整。

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以上是 STU-Net 开源项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 STU-Net 项目。

STU-NetThe largest pre-trained medical image segmentation model (1.4B parameters) based on the largest public dataset (>100k annotations), up until April 2023.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STU-Net