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RSS订阅原创 ggbio进行基因结构图的绘制
我们需要自己把感兴趣的基因的CDS和UTF给取出来。也就是gtf文件的1，3，4，5列，当然有的基因因为选择剪切的缘故可能有多个转录本，我们自行选择想要的转录本的结构就好。注意各个结构范围不要有重叠的地方，多个结构要对应一个转录本。在绘制之前我们需要得到基因的具体结构信息，所以我们需要下载对应物种对应版本的基因组gtf文件。具体文件格式如下，包含基因各个结构的具体位置。在平时研究中我们找到某个基因，需要把这个基因结构可视化出来，ggbio就可以进行基因结构图的绘制。得到的图片直接在AI中美化就好。
2023-11-17 16:03:38
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原创 ERROR: sequence and quality have different length:
定位到fastq1中错误发生的reads上，发现reads后面的数据格式混乱 (标准的reads四行变为不规律的一堆序列和字符)，我猜测这是下载过程中网络问题导致的文件缺失。解决方法二，如果是大量的格式错误，那就换一个数据下载方法，比如我用的Aspera下载的数据，换成ftp下载就解决这类错误了（感觉这东西看运气，我之前下载了几十个样本都没问题，就偏偏最近下载数据老出问题）。解决方法一，如果仅仅是某几条reads出问题，确定出问题的reads的行数，直接删除就好。
2023-09-08 00:10:48
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原创 HTTPSConnection 发生错误ssl.SSLEOFError: EOF occurred in violation of protocol (_ssl.c:841)
pip安东西一直报网络错误，后来把VPN关了就ok了。
2023-09-06 00:19:14
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原创 convert: attempt to perform an operation not allowed by the security policy `PDF‘ @ error/constitute
convert命令遇到的问题如标题所示，主要是ImageMagick安全协议的问题，修改如下。
2023-09-02 13:54:11
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原创 【无标题】
在用fastqc的时候java出问题了，我的问题是linux的/usr/bin中的java和conda里的java重了，你可以看一下自己的java在哪里。或者你没有java环境，可以直接 sudo apt install fastqc就好。如果真的是因为多个java的问题那最简单的就是去修改java的名字，如。这样环境变量里就只有一个java了。
2023-03-20 23:08:15
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原创 关于linux中出现/dev/nvme0n1p1:clean界面的解决方法
关于linux中出现/dev/nvme0n1p1:clean界面的解决方法
2022-02-13 01:30:48
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原创 beast附加包安装：SNAPP安装出现问题的解决办法
Beast2下载位置： https://github.com/CompEvol/beast2Beast官网： http://www.beast2.org/1.下载beast2wget https://github.com/CompEvol/beast2/releases/download/v2.6.6/BEAST.v2.6.6.Linux.tgztar zxfv BEAST.v2.6.6.Linux.tgzcd beast/binbeauti进入一
2021-11-14 19:03:18
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原创 smc++安装
官网：https://github.com/popgenmethods/smcpp官网最新版都用docker下了，1.15.4以后不再支持conda下载，这就很烦，我用docker下一直有问题，所以还是下旧版的吧。#直接conda建环境下载，基本不需要你再下各种的库呀依赖啥的conda update condaconda create -n smcpp -c conda-forge -c terhorst smcppconda activate smcppsmc++这个时候就可能报错说找不
2021-10-16 16:30:42
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原创 number of items to replace is not a multiple of replacement length
错误如图所示，我在进行循环读文件时出现了问题，读取后的list中每个表格式都有问题。但实际上单独读取是这样的结果上网查也没查出个所以然，后来发现是list调用的问题，可以看到data[i]出了问题，list应该是data[[i]]才对可以看到平时调用list时R都是自动把[]识别为[[]]，我就没在意修改以后果然好了...
2021-10-16 16:10:35
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原创 CMplot与曼哈顿图
CMplot是一个专门绘制曼哈顿图的R包rm(list=ls())options(stringsAsFactors = F)#下载安装install.packages("CMplot")library(CMplot)#包里面带的演示数据data(pig60K)head(pig60K)可以看到输入文件的必要信息有snp名，染色体名，位置，以及P值pig60K=pig60K[pig60K$Chromosome!='Y',]#snp密度图CMplot(pig60K,plot.type=
2021-10-11 00:02:31
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原创 R中不同类型的基因名间的转换
举一个例子，已知基因ID，求其对应的ENSEMBL，步骤如下library(org.Hs.eg.db)library(clusterProfiler)keytypes(org.Hs.eg.db) #查一下都有什么类型的基因名b=c(1,46,58,100) #随便取的基因IDgene.df <- bitr(b, fromType="ENTREZID", #输入类型
2021-09-27 16:18:39
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原创 ggtreeExtra安装失败
最近在接触遗传进化，进化树必不可少，我记得之前Y叔在公众号推过他的ggtreeExtra包，所以我直接去公众号搜了一下，发现应用ggtreeExtra在ggtree基础上绘制的图挺好看，果断开始接触练习。一开始安装的时候就出问题了，我电脑上的R是3.6.1和3.6.3，貌似版本过低。BiocManager::install("ggtreeExtra")所以我用自己服务器上不怎么用的4.1.1版的R下载了一下，果然是版本过低，4.1.1的R直接就下载下来了。然后果断练习数据都是自己瞎编的，反反
2021-09-27 00:23:23
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原创 ggplot中color和colour
今天发现一个愚蠢的问题，在用ggplot作图时，我看有的人一会儿用color=group，一会用colour=group，知识贫乏的我还以为有什么区别。后来发现这两个是等价的，可以互相替换，没有区别。。哈哈哈哈...
2021-09-11 21:37:52
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原创 2021-09-09
linux中用awk对csv的列进行赋值后，发现分隔符缺失可以看到awk目的是把第二个字段what改为352，但是改完打印以后分隔符逗号没了！这是因为awk默认输入输出字段时空格或者Tab，你不管要加-F，也要定义输出字段的分隔符解决方法涉及到BEGIN条件，它是管理输入输出分隔符换行符的，其中有四个参数：FS;输入字段分隔符RS:输入字段换行符OFS:输出字段分隔符ORS:输出子弹换行符通过设置输出字段的分隔符就可以解决问题了。...
2021-09-09 13:28:02
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原创 2021-09-09
在下载github上的包时devtools::install_github('royfrancis/pophelper')报错如下：package ‘rlang’ successfully unpacked and MD5 sums checked Error: Failed to install ‘pophelper’ from GitHub: (converted from warning) cannot remove prior installation of package ‘rlang
2021-09-09 13:06:13
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原创 2021-06-05
R中用sva去批次报错Error in solve.default(crossprod(des), crossprod(des, y1)) :Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[2,2] = 0很可能是表达矩阵有缺失值解决方法：exp是表达矩阵table(is.na(exp))#看是否有NA缺失值exp=na.omit(exp)之后就好了...
2021-06-05 00:26:21
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原创 R中SingleR的本地安装
SingleR这个包也是我最近学单细胞转录组才接触到的，因为自身网络原因，这个包下载一直出问题，BiocManager::install()安装和从bioconductor上下载都试过，好像是版本的原因一直出问题，不太了解，最后解决方法是从GitHub下载，R本地安装。R：3.6.1SingleR：1.0.1下载方法1：最基本的，也是一开始学习单细胞教程给的代码library(devtools)devtools::install_github('dviraran/SingleR')library
2021-01-15 21:05:16
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空空如也
空空如也
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