HiGlass 开源项目实战指南

HiGlass 开源项目实战指南

higlass Fast, flexible and extensible genome browser. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/hi/higlass

项目介绍

HiGlass 是一个基于Web技术的高性能、灵活且可扩展的基因组浏览器，专门设计用于二维基因组映射数据的可视化。该工具允许用户高效地导航、同步多种可视化模式并结合不同数据类型，支持从大规模Hi-C数据到一维基因组轨迹等多种类型的生物信息学数据。HiGlass由Nils Gehlenborg等在Genome Biology期刊上发表，并采用MIT许可协议发布，确保了其开源性和广泛的应用潜力。

项目快速启动

要从源码搭建和运行HiGlass，您需要先安装Node.js环境。接下来，遵循以下步骤来快速启动项目：

# 克隆项目仓库
git clone https://github.com/higlass/higlass.git

# 进入项目目录
cd higlass

# 安装依赖（如遇到peer dependency错误，可以尝试添加--legacy-peer-deps选项）
npm clean-install

# 启动开发服务器
npm run start

服务器将在http://localhost:5173/启动，提供实时开发环境供您测试和查看应用。

应用案例和最佳实践

HiGlass被广泛应用于遗传学研究中，帮助研究人员探索不同的实验条件、对比分析结果和创建互动式快照以分享给合作者及公众。一个典型的实践是利用HiGlass进行染色质互作分析，通过配置不同的视图组件，展示特定区域的Hi-C接触矩阵，同时叠加ChIP-seq或RNA-seq的一维数据，以便于理解基因调控网络和染色体结构变化。

典型生态项目

HiGlass生态系统丰富，包含几个关键的辅助工具和库，助力用户更好地部署和利用HiGlass：

• Cooler: 专为高效率存储和访问稀疏2D数据设计，尤其适合HiGlass作为底层数据存储。
• HiGlass Python: 提供Python绑定，便于进行本地tile服务、视图配置生成以及Jupyter Notebook整合。
• HiGlass Manage: 简化的界面，用于轻松部署本地HiGlass实例，简化运维流程。
• Clodius: 实现了常见的1D和2D数据类型聚合和瓦片生成逻辑，支持多种数据格式的处理和可视化。

通过这些生态组件，开发者和科研人员能够更便捷地集成HiGlass至他们的工作流中，实现复杂基因组数据分析的可视化需求。

---

以上就是HiGlass项目的简明指南，无论是初学者还是高级用户，都能借此快速入门，深入探索这个强大的基因组数据可视化工具。

higlass Fast, flexible and extensible genome browser. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/hi/higlass