DeepSMILES 开源项目教程

DeepSMILES 开源项目教程

deepsmilesDeepSMILES - A variant of SMILES for use in machine-learning项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/deepsmiles

1. 项目的目录结构及介绍

DeepSMILES 项目的目录结构如下：

deepsmiles/
├── LICENSE.txt
├── MANIFEST.in
├── README.rst
├── VERSIONS.rst
├── setup.py
└── deepsmiles/
    ├── __init__.py
    ├── converter.py
    ├── decoder.py
    ├── encoder.py
    └── errors.py

目录介绍

• LICENSE.txt: 项目的许可证文件，采用 MIT 许可证。
• MANIFEST.in: 用于指定在打包时包含的文件。
• README.rst: 项目的说明文档。
• VERSIONS.rst: 项目的版本历史记录。
• setup.py: 用于安装项目的脚本。
• deepsmiles/: 项目的主要代码目录。
  • __init__.py: 初始化文件，使目录成为一个 Python 包。
  • converter.py: 转换器模块，用于将 SMILES 转换为 DeepSMILES 和反向转换。
  • decoder.py: 解码器模块，用于将 DeepSMILES 解码为 SMILES。
  • encoder.py: 编码器模块，用于将 SMILES 编码为 DeepSMILES。
  • errors.py: 错误处理模块，定义了转换过程中可能出现的错误。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 setup.py，它是一个标准的 Python 安装脚本。通过运行以下命令可以安装 DeepSMILES：

pip install --upgrade deepsmiles

setup.py 文件负责项目的打包和安装，确保所有依赖项正确安装，并且项目可以作为一个 Python 包使用。

3. 项目的配置文件介绍

DeepSMILES 项目没有显式的配置文件，其配置主要通过代码中的参数进行设置。例如，在使用 deepsmiles.Converter 类时，可以通过参数 rings 和 branches 来控制是否启用环和分支的转换：

import deepsmiles

print("DeepSMILES version: %s" % deepsmiles.__version__)
converter = deepsmiles.Converter(rings=True, branches=True)
print(converter)

通过这种方式，用户可以根据需要灵活配置转换器的行为。

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以上是 DeepSMILES 开源项目的教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些内容能帮助你更好地理解和使用 DeepSMILES 项目。

deepsmilesDeepSMILES - A variant of SMILES for use in machine-learning项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/de/deepsmiles