MIMIC-OMOP 开源项目教程

MIMIC-OMOP 开源项目教程

mimic-omopMapping the MIMIC-III database to the OMOP schema项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/mimic-omop

1. 项目的目录结构及介绍

MIMIC-OMOP 项目的目录结构如下：

mimic-omop/
├── README.md
├── code/
│   ├── build_mimic_cdm.sql
│   ├── create_mimic_views.sql
│   ├── load_mimic_data.sql
│   └── ...
├── config/
│   ├── cdm_config.json
│   └── ...
├── docs/
│   ├── CONTRIBUTING.md
│   ├── LICENSE.md
│   └── ...
└── ...

目录结构介绍

• README.md: 项目的主文档，包含项目的基本信息和使用说明。
• code/: 包含项目的SQL脚本，用于构建和加载数据到OMOP CDM。
  • build_mimic_cdm.sql: 用于构建MIMIC数据到OMOP CDM的SQL脚本。
  • create_mimic_views.sql: 用于创建MIMIC视图的SQL脚本。
  • load_mimic_data.sql: 用于加载MIMIC数据的SQL脚本。
• config/: 包含项目的配置文件。
  • cdm_config.json: 配置文件，用于定义数据加载和转换的参数。
• docs/: 包含项目的文档和许可证信息。
  • CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
  • LICENSE.md: 项目许可证。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 code/build_mimic_cdm.sql 和 code/load_mimic_data.sql。

build_mimic_cdm.sql

这个SQL脚本用于构建MIMIC数据到OMOP CDM。它包含了创建表、插入数据和转换数据的SQL语句。使用方法如下：

1. 确保数据库连接配置正确。
2. 运行 build_mimic_cdm.sql 脚本。

load_mimic_data.sql

这个SQL脚本用于加载MIMIC数据到OMOP CDM。它包含了加载原始数据和转换数据的SQL语句。使用方法如下：

1. 确保原始数据文件路径正确。
2. 运行 load_mimic_data.sql 脚本。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 config/cdm_config.json。

cdm_config.json

这个配置文件定义了数据加载和转换的参数。主要包含以下内容：

• database_connection: 数据库连接信息。
• data_files_path: 原始数据文件路径。
• conversion_settings: 数据转换设置。

示例配置文件内容如下：

{
  "database_connection": {
    "host": "localhost",
    "port": 5432,
    "database": "mimic",
    "user": "postgres",
    "password": "password"
  },
  "data_files_path": "/path/to/mimic_data",
  "conversion_settings": {
    "drop_existing": true,
    "create_indexes": true
  }
}

使用方法

1. 根据实际情况修改 cdm_config.json 中的配置参数。
2. 在运行SQL脚本时，确保配置文件路径正确。

以上是 MIMIC-OMOP 开源项目的教程，包含了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助。

mimic-omopMapping the MIMIC-III database to the OMOP schema项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/mimic-omop