NGS-pipe 开源项目使用教程

NGS-pipe 开源项目使用教程

NGS-pipeNGS-pipe: next-generation sequencing pipelines for precision oncology项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ng/NGS-pipe

1. 项目的目录结构及介绍

NGS-pipe 项目的目录结构如下：

NGS-pipe/
├── docs/
├── examples/
├── scripts/
├── src/
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

• docs/: 包含项目的文档文件。
• examples/: 包含示例配置和数据文件。
• scripts/: 包含用于项目启动和管理的脚本文件。
• src/: 包含项目的源代码文件。
• tests/: 包含项目的测试文件。
• .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要位于 scripts/ 目录下，其中可能包含以下文件：

• run_pipeline.sh: 用于启动 NGS 分析管道的脚本。
• setup_environment.sh: 用于设置运行环境变量的脚本。

使用方法：

bash scripts/run_pipeline.sh

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件通常位于 examples/ 目录下，可能包含以下文件：

• config.yaml: 包含 NGS 分析管道的配置参数。
• sample_data.csv: 包含样本数据的描述信息。

配置文件示例：

pipeline:
  input_dir: /path/to/input
  output_dir: /path/to/output
  reference_genome: /path/to/reference/genome.fa
  tools:
    - bwa
    - samtools
  parameters:
    bwa:
      threads: 8
    samtools:
      sort_memory: 5G

通过修改 config.yaml 文件中的参数，可以自定义 NGS 分析管道的运行配置。

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以上是 NGS-pipe 开源项目的使用教程，希望对您有所帮助。

NGS-pipeNGS-pipe: next-generation sequencing pipelines for precision oncology项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ng/NGS-pipe