NGS-pipe 开源项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
NGS-pipe 项目的目录结构如下:
NGS-pipe/
├── docs/
├── examples/
├── scripts/
├── src/
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py
- docs/: 包含项目的文档文件。
- examples/: 包含示例配置和数据文件。
- scripts/: 包含用于项目启动和管理的脚本文件。
- src/: 包含项目的源代码文件。
- tests/: 包含项目的测试文件。
- .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。
- LICENSE: 项目的许可证文件。
- README.md: 项目的介绍和使用说明。
- requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
- setup.py: 项目的安装脚本。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件主要位于 scripts/
目录下,其中可能包含以下文件:
- run_pipeline.sh: 用于启动 NGS 分析管道的脚本。
- setup_environment.sh: 用于设置运行环境变量的脚本。
使用方法:
bash scripts/run_pipeline.sh
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件通常位于 examples/
目录下,可能包含以下文件:
- config.yaml: 包含 NGS 分析管道的配置参数。
- sample_data.csv: 包含样本数据的描述信息。
配置文件示例:
pipeline:
input_dir: /path/to/input
output_dir: /path/to/output
reference_genome: /path/to/reference/genome.fa
tools:
- bwa
- samtools
parameters:
bwa:
threads: 8
samtools:
sort_memory: 5G
通过修改 config.yaml
文件中的参数,可以自定义 NGS 分析管道的运行配置。
以上是 NGS-pipe 开源项目的使用教程,希望对您有所帮助。