Mosdepth 开源项目使用教程

Mosdepth 开源项目使用教程

mosdepthfast BAM/CRAM depth calculation for WGS, exome, or targeted sequencing项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/mosdepth

1. 项目的目录结构及介绍

Mosdepth 是一个用于快速计算全基因组测序覆盖度的命令行工具。以下是 Mosdepth 项目的基本目录结构及其介绍：

mosdepth/
├── bin/
│   └── mosdepth
├── scripts/
│   ├── aggregate_scores.py
│   ├── plot-dist.py
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_mosdepth.py
│   └── ...
├── README.md
├── LICENSE
└── ...

• bin/: 包含 Mosdepth 的可执行文件。
• scripts/: 包含一些辅助脚本，如数据聚合和绘图脚本。
• tests/: 包含测试脚本，用于确保 Mosdepth 的正确性。
• README.md: 项目的说明文档。
• LICENSE: 项目的许可证文件。

2. 项目的启动文件介绍

Mosdepth 的启动文件位于 bin/ 目录下，名为 mosdepth。这是一个可执行文件，用于启动 Mosdepth 工具。用户可以通过命令行调用此文件来执行覆盖度计算任务。

./bin/mosdepth

3. 项目的配置文件介绍

Mosdepth 本身不需要传统的配置文件，其参数和选项通过命令行参数传递。以下是一些常用的命令行参数示例：

./bin/mosdepth -t 4 -b targets.bed sample.bam

• -t 4: 指定线程数为 4。
• -b targets.bed: 指定目标区域文件。
• sample.bam: 输入的 BAM 文件。

用户可以根据需要调整这些参数以适应不同的计算需求。

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以上是 Mosdepth 开源项目的使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本介绍。希望这些信息能帮助您更好地理解和使用 Mosdepth 工具。

mosdepthfast BAM/CRAM depth calculation for WGS, exome, or targeted sequencing项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/mosdepth