Mosdepth 开源项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
Mosdepth 是一个用于快速计算全基因组测序覆盖度的命令行工具。以下是 Mosdepth 项目的基本目录结构及其介绍:
mosdepth/
├── bin/
│ └── mosdepth
├── scripts/
│ ├── aggregate_scores.py
│ ├── plot-dist.py
│ └── ...
├── tests/
│ ├── test_mosdepth.py
│ └── ...
├── README.md
├── LICENSE
└── ...
- bin/: 包含 Mosdepth 的可执行文件。
- scripts/: 包含一些辅助脚本,如数据聚合和绘图脚本。
- tests/: 包含测试脚本,用于确保 Mosdepth 的正确性。
- README.md: 项目的说明文档。
- LICENSE: 项目的许可证文件。
2. 项目的启动文件介绍
Mosdepth 的启动文件位于 bin/
目录下,名为 mosdepth
。这是一个可执行文件,用于启动 Mosdepth 工具。用户可以通过命令行调用此文件来执行覆盖度计算任务。
./bin/mosdepth
3. 项目的配置文件介绍
Mosdepth 本身不需要传统的配置文件,其参数和选项通过命令行参数传递。以下是一些常用的命令行参数示例:
./bin/mosdepth -t 4 -b targets.bed sample.bam
-t 4
: 指定线程数为 4。-b targets.bed
: 指定目标区域文件。sample.bam
: 输入的 BAM 文件。
用户可以根据需要调整这些参数以适应不同的计算需求。
以上是 Mosdepth 开源项目的使用教程,涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本介绍。希望这些信息能帮助您更好地理解和使用 Mosdepth 工具。