AutoDock-GPU 项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
AutoDock-GPU 项目的目录结构如下:
AutoDock-GPU/
├── bin/
├── common/
├── cuda/
├── device/
├── doc/
│ └── presentation/
├── examples/
│ └── output/
├── host/
├── input/
├── windows/
├── wrapcl/
├── .gitignore
├── AutoDock-GPU.sln
├── AutoDock-GPU.vcxproj
├── AutoDock-GPU.vcxproj.filters
├── AutoDock-GPU.vcxproj.user
├── BASE_VERSION
├── LICENSE
├── LICENSE_LGPL
├── Makefile
├── Makefile.Cuda
├── Makefile.OpenCL
目录介绍
bin/
: 存放编译后的可执行文件。common/
: 包含项目共用的代码文件。cuda/
: 包含 CUDA 相关的代码文件。device/
: 包含设备相关的代码文件。doc/
: 包含项目文档,特别是presentation/
目录下存放演示文稿。examples/
: 包含示例输出文件。host/
: 包含主机相关的代码文件。input/
: 包含输入文件。windows/
: 包含 Windows 平台相关的文件。wrapcl/
: 包含 OpenCL 包装相关的文件。.gitignore
: Git 忽略文件配置。AutoDock-GPU.sln
: Visual Studio 解决方案文件。AutoDock-GPU.vcxproj
: Visual Studio 项目文件。AutoDock-GPU.vcxproj.filters
: Visual Studio 项目过滤器文件。AutoDock-GPU.vcxproj.user
: Visual Studio 用户特定设置文件。BASE_VERSION
: 基础版本文件。LICENSE
: GPL-2.0 许可证文件。LICENSE_LGPL
: LGPL-2.1 许可证文件。Makefile
: 主 Makefile 文件。Makefile.Cuda
: CUDA 特定的 Makefile 文件。Makefile.OpenCL
: OpenCL 特定的 Makefile 文件。
2. 项目的启动文件介绍
AutoDock-GPU 项目的启动文件主要是编译后的可执行文件,通常位于 bin/
目录下。具体启动文件的名称和路径取决于编译配置和平台。
3. 项目的配置文件介绍
AutoDock-GPU 项目的配置文件主要包括以下几类:
- Makefile 文件: 如
Makefile
,Makefile.Cuda
,Makefile.OpenCL
等,用于配置编译选项和依赖关系。 - Visual Studio 项目文件: 如
AutoDock-GPU.sln
,AutoDock-GPU.vcxproj
,AutoDock-GPU.vcxproj.filters
,AutoDock-GPU.vcxproj.user
等,用于在 Visual Studio 中配置项目。 - 输入文件: 位于
input/
目录下,用于指定模拟的参数和条件。
这些配置文件共同决定了项目的编译、运行和模拟的具体行为。