AutoDock+Pymol+OpenBabel分子对接软件环境配置安装

e嘉医 | AutoDock 分子对接：【05】软件安装(一)_哔哩哔哩_bilibili

跟着该UP主操作即可，接下来图文式介绍安装过程

使用windows系统

首先，大家需要该软件的基本上是生物分子类专业的同学，可能对代码指令行不够了解。大家遇到报错时，可以直接在csdn网站直接进行搜索，或者可以询问博主😘

另外，该版本相关软件久不更新，望各位小伙伴慎重考虑

1.Auto+MGLTools安装

Autodock安装连接：

Download AutoDock4 – AutoDock (scripps.edu)https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/

 大家根据需求下载对应版本，现版本的AutoDock-GPU对应的是GitHub上的专业代码块，并不适合生物专业的同学们😀建议下载AutoDock4

MGLTools安装连接：

Downloads – mgltools (scripps.edu)https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/

同样选择对应适合版本，建议大家选择1.5.7

 进入后一切按照

在安装中，取消Launch PMV,该项目会进行自启动，影响电脑性能

建议安装时记录安装路径，后续需要使用

如博主：

C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6

C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7

 下载成功之后，会出现四个软件快捷方式。点击AutoDockTools即可📕

已经初步成功啦😄

2.部署Python和Pymol

注：博主采用的是3.6版本

大家使用win+R调用出运行输入cmd

 输入 python --version即可查看自身python版本

 

如果没下载python怎么办呢？

 e嘉医 | AutoDock 分子对接：【06】软件安装(二)_哔哩哔哩_bilibili

大家需要去python官网下载喽

python下载官网：

Download Python | Python.org

 大家选择3.7版本就好，后面的小版本大家自行选择

建议大家下载3.7及以上版本，接下来是关于3.6版本的相关教程。视频博主是3.7的大家自行斟酌啦是😙

Archived: Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke (uci.edu)

这是相关所需要的python包的集合，需要大家下载

把所需的四个包安装到python文件的Scripts内

路径：C:\Pycharm\Anaconda\Scripts

或C:\Users\xxxxxxx\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Scripts

拓展包名称：  

 numpy-1.21.6+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl  

 Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl   

pymol-2.6.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl   

pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl

注🐖：cp37就是3.7版本，大家根据版本不同自行修改

安装拓展包命令：

pip install numpy-1.21.6+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl  

 pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl   

pip install pymol-2.6.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl   

pip install pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl   

pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl   

pip install --upgrade --no-deps

pymol-2.6.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl   

pip install pyqt5

博主指令：

pip install numpy-1.19.5+mkl-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl

pip install pymol-2.4.0-cp36-cp36m-win_amd64.whl

 pip install pymol_launcher-2.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

 pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-2.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pip install --upgrade --no-deps pymol-2.4.0-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pip install pyqt5

下载pyqt5时，会出现超时错误，此时只需要多次下载即可成功

在Scripts文件夹里打开pymol.exe即可调用

 已经接近成功啦，大家加油🤩

3.OpenBabel软件下载（傻瓜式操作）

Category:Installation - Open Babel官网下载连接

大家操作不了，也可以在视频博主链接内下载安装

 e嘉医 | AutoDock 分子对接：【07】软件安装(三)_哔哩哔哩_bilibili

一路点过去就OK啦😘

恭喜大家终于完成所有教程，可以愉快地写作业啦下🤗

特别感谢@qnddyds股东资助的200元子