nf-core/rnaseq 开源项目使用文档

nf-core/rnaseq 开源项目使用文档

rnaseqRNA sequencing analysis pipeline using STAR, RSEM, HISAT2 or Salmon with gene/isoform counts and extensive quality control.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rn/rnaseq

1. 项目的目录结构及介绍

nf-core/rnaseq 项目的目录结构如下：

nf-core/rnaseq/
├── assets
├── bin
├── conf
├── docs
├── environment.yml
├── LICENSE
├── main.nf
├── nextflow.config
├── README.md
├── templates
└── tests

• assets: 包含项目相关的静态资源文件。
• bin: 包含可执行脚本文件。
• conf: 包含配置文件。
• docs: 包含项目文档。
• environment.yml: 定义项目依赖的环境。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• main.nf: 项目的主脚本文件。
• nextflow.config: 项目的配置文件。
• README.md: 项目的介绍文档。
• templates: 包含模板文件。
• tests: 包含测试脚本和数据。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 main.nf，它是 Nextflow 脚本文件，负责定义和执行工作流程。main.nf 文件中包含了数据处理、分析和报告生成的各个步骤。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 nextflow.config，它是一个 Nextflow 配置文件，用于定义工作流程的各种参数和设置。配置文件中可以包含以下内容：

• profiles: 定义不同的运行环境配置。
• params: 定义用户可配置的参数。
• process: 定义各个处理步骤的资源需求和配置。
• env: 定义环境变量。

示例配置文件内容如下：

profiles {
    standard {
        process.executor = 'local'
    }
    cluster {
        process.executor = 'slurm'
    }
}

params {
    input = 'data/*.fastq.gz'
    outdir = 'results'
}

process {
    withName: FASTQC {
        cpus = 2
        memory = 4.GB
    }
}

env {
    PATH = "/usr/local/bin:$PATH"
}

以上是 nf-core/rnaseq 开源项目的基本使用文档，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

rnaseqRNA sequencing analysis pipeline using STAR, RSEM, HISAT2 or Salmon with gene/isoform counts and extensive quality control.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rn/rnaseq