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D3入门篇 01 | 选择集及数据处理

文章目录选择器选择元素选择集属性选择集操作数据绑定数据处理数组映射统计 选择器 选择元素 函数 返回值 select() 匹配的第一个元素 selectAll() 匹配的所有元素 <!DOCTYPE html> <html&...

2019-05-31 17:23:43

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基因组注释文件(GFF,GTF)下载的四种方法

文章目录NCBIEnsemblUCSCGeneCode NCBI Ncbi 里包含现在最全的参考基因组数据,可以进入FTP站点查看:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 这里的文件夹名为物种的拉丁名,这里以 Human(Homo_sapiens) 为例,下载方法...

2019-04-17 20:16:34

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生信软件 | Trimmomati (质量控制,修剪低质和接头序列)

介绍 Trimmomati 用于去除 Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter,根据碱基质量值修整FASTQ序列文件 支持单末端(SE),双末端(PE)测序数据 支持多线程,gzip,bzip2压缩的FASTQ文件 支持phred-33 和 phred-64 格式互相转化,目前多数...

2019-03-26 20:13:48

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Conda 安装使用图文详解(2019最新国内镜像被禁之后的完美解决办法)

文章目录介绍安装使用包管理功能环境管理功能渠道管理实例 介绍 开源包管理系统和环境管理系统 ,包括多种语言的包安装,运行,更新,删除,最重要的是可以解决包依赖问题 支持语言包括 Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C / C ++,FORTRAN 支持...

2019-03-26 19:41:00

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Pycharm 远程开发调试环境搭建(图文详解)

文章目录配置远程目录配置远程环境配置Python Console 和 Shell Terminal 配置远程目录 打开Tools -> Deployment -> Configuration 点击左上角+新建一个远程连接 ...

2019-03-18 11:45:17

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生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献

相信 Entrez 的强大是有目共睹的,BioPython 将它几乎所有操作都封装为方法,使我们可以更加方便的利用这个强悍工具。对于分析比对多个序列文件时的工作量说多了都是泪。比如,老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列,并构建相应的进化树,而这个序列需要大于100条。我想你的心情不会和下...

2019-03-13 22:14:05

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生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

相信大家在上一文中下载fasta的时候还没有感觉到下载是多么复杂,但是对于分析比对多个序列文件时,这个工作量说多了都是泪。比如,老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列,并构建相应的进化树,而这个序列需要大于100条。我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静,那么,接下来通过BioPytho...

2019-03-13 22:12:15

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生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列

上一篇文章自己造轮子实现了序列的基础操作,但是在Python的世界里,一项工作只要重复的次数多了,那么一定就会有大神来开发相应的包来解决,这个包名就是 Biopython 。接下来我们试着使用它来实现简单的序列处理。 一、准备工作 1、 按照上一篇下载fasta文件的步骤,可以同理得到GeneBa...

2019-03-13 22:09:45

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生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列

一、 序列数据的下载 在开始了解序列的处理流程时,我们先要知道序列下载网址。其中一个知名的网站就是NCBI (National Center for Biotechnology Information)美国国立生物技术信息中心。 1、通过如下的网站进入 NCBI ,可以看到它包含许多的子库,其中 ...

2019-03-13 22:07:27

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MySQL datatime与timestamp设置自动更新

datetime 的自动更新 增加一列并设置自动更新 ALTER TABLE 'table_name' ADD COLUMN 'date' datetime NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP COMMENT create time' ; 修改已有列为自动更新 ALTER...

2019-03-09 14:06:00

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MySQL 大数据量导入时:MySQL server has gone away

问题 导入大数据量的 sql 文件时,出现 MySQL server has gone away 配置文件对导入文件大小有限制 解决 修改配置文件(my.ini 或者 my.cnf) max_allowed_packet = 100000 后面数值因需求而定 ...

2019-03-05 11:29:54

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MySQL 远程连接及错误的解决

设置可远程连接账户 mysql -uroot -p grant all on *.* to baimoc@'%' identified by '123456' with grant option; flush privileges; baimoc这个用户不一定要存在(可以按需要去取名),%表示可...

2019-03-04 21:49:40

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mysql 将查询结果创建表 插入表

创建表 create table new_table_name as select * from (your_sql) as sql_table; new_table_name替换为创建表名 your_sql替换为sql语句 插入表 insert into old_table_name sele...

2019-02-26 22:47:02

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查询mysql数据库中表的所有字段名

select COLUMN_NAME,DATA_TYPE,COLUMN_COMMENT from information_schema.COLUMNS where table_name = '表名' and table_schema = '数据库名称'; 得到结果:

2019-02-26 22:31:29

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Cannot open shared object file: No such file or directory 问题解决

第一种可能是没有安装相关的开发包,去下载安装即可 第二种是已经安装但是编译或程序运行时找不到,可以通过以下方法解决 一般库文件在/lib,/usr/lib,/usr/local/lib,或者安装文件目录的lib目录下 1) 如果共享库文件安装到了/lib或/usr/lib目录下: ldconf...

2019-02-15 13:40:51

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Linux 添加环境变量的五种方法

只对当前shell生效(shell脚本中常用) 方法一: $PATH="$PATH":YOUR_PATH 方法二: export PATH="$PATH:YOUR_PATH&am...

2019-01-08 16:40:45

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详解Linux 下 Aspera 获取基因组数据

1. 下载 官网下载:http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list csdn下载:https://download.csdn.net/download/u011262253/10402259 2. 安装 $ tar -zxvf aspe...

2019-01-07 20:00:22

阅读数 207

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Linux 归档,压缩,解压命令速查

文章目录example.tar 类型文件打包增加到包替换包中文件列出所有文件解压文件example.tar.gz / example.tgz 类型文件example.tar.bz2 类型文件example.tar.Z 类型文件example.gz 类型文件example.bz2 类型文件examp...

2018-11-06 16:44:09

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MySQL 报错:ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket

一、错误现场还原: 下面我们通过三种方式来连接,然后观察提示的错误信息: 1、直接使用“mysql”命令,不带主机名参数; 2、使用带了主机名“localhost”参数的“mysql -h localhost”命令; 3、使用带了主机名“127.0.0.1”参数的“mysql -h 1...

2018-09-21 15:35:26

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从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列

1 介绍 在基因结构分析或其他生物功能分析中会时常用到 CDS 序列,以及其他诸如 mRNA 序列,misc_RNA序列等具有生物意义的序列片段。而NCBI 的基因库中已经包含有这些的信息,但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过 genbank给出的位点信息来提取,个人能力有限,这里...

2018-09-20 22:36:33

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