BCSS 开源项目使用教程

BCSS 开源项目使用教程

BCSSUse this to download all elements of the BCSS dataset described in: Amgad M, Elfandy H, ..., Gutman DA, Cooper LAD. Structured crowdsourcing enables convolutional segmentation of histology images. Bioinformatics. 2019. doi: 10.1093/bioinformatics/btz083项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/BCSS

1. 项目的目录结构及介绍

BCSS 项目的目录结构如下：

BCSS/
├── README.md
├── LICENSE
├── data/
│   ├── masks/
│   └── meta/
│       └── gtruth_codes.tsv
├── scripts/
│   ├── preprocessing.py
│   └── analysis.py
└── config/
    └── settings.yaml

目录介绍

• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本信息和使用指南。
• LICENSE: 项目许可证文件，本项目使用 MIT 许可证。
• data/: 数据目录，包含用于分析的图像数据和元数据。
  • masks/: 存放图像分割的掩码文件。
  • meta/: 存放元数据文件。
    • gtruth_codes.tsv: 图像分割的真值编码文件。
• scripts/: 脚本目录，包含数据预处理和分析的脚本。
  • preprocessing.py: 数据预处理脚本。
  • analysis.py: 数据分析脚本。
• config/: 配置文件目录，包含项目的配置文件。
  • settings.yaml: 项目的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

BCSS 项目的启动文件是 scripts/preprocessing.py 和 scripts/analysis.py。

启动文件介绍

• preprocessing.py: 该脚本用于数据预处理，包括图像的读取、处理和保存。
• analysis.py: 该脚本用于数据分析，包括图像分割结果的评估和可视化。

3. 项目的配置文件介绍

BCSS 项目的配置文件是 config/settings.yaml。

配置文件介绍

settings.yaml 文件包含了项目运行所需的各种配置参数，例如数据路径、预处理参数、分析参数等。以下是一个示例配置文件的内容：

data_path: "data/masks"
meta_path: "data/meta/gtruth_codes.tsv"
output_path: "output"
preprocessing:
  resize: [256, 256]
  normalize: true
analysis:
  threshold: 0.5
  visualize: true

配置参数说明

• data_path: 数据路径，指定存放掩码文件的目录。
• meta_path: 元数据路径，指定存放真值编码文件的目录。
• output_path: 输出路径，指定存放处理结果的目录。
• preprocessing: 预处理参数，包括图像的尺寸调整和归一化。
  • resize: 图像尺寸调整参数。
  • normalize: 是否进行归一化处理。
• analysis: 分析参数，包括阈值设置和结果可视化。
  • threshold: 分析阈值。
  • visualize: 是否进行结果可视化。

以上是 BCSS 开源项目的使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

BCSSUse this to download all elements of the BCSS dataset described in: Amgad M, Elfandy H, ..., Gutman DA, Cooper LAD. Structured crowdsourcing enables convolutional segmentation of histology images. Bioinformatics. 2019. doi: 10.1093/bioinformatics/btz083项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bc/BCSS