VT-UNet 使用教程

VT-UNet 使用教程

VT-UNet项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/vt/VT-UNet

项目介绍

VT-UNet 是一个用于3D医学图像分割的PyTorch实现项目。该项目基于Transformer架构，旨在提供一个鲁棒且准确的3D肿瘤分割解决方案。VT-UNet 的部分代码借鉴了nn-UNet，并在此基础上进行了改进和优化。

项目快速启动

环境设置

首先，确保你已经安装了Python 3.8。然后，按照以下步骤设置虚拟环境和安装必要的依赖包：

# 创建虚拟环境
virtualenv -p /usr/bin/python3.8 venv
source venv/bin/activate

# 安装PyTorch
pip3 install torch==1.10.2+cu113 torchvision==0.11.3+cu113 torchaudio==0.10.2+cu113 -f https://download.pytorch.org/whl/cu113/torch_stable.html

# 安装其他依赖
pip install -r requirements.txt

数据预处理

下载并预处理数据集：

cd VTUNet
pip install -e vtunet_convert_decathlon_task
vtunet_plan_and_preprocess -t 3

模型训练

使用以下命令启动模型训练：

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 nohup vtunet_train 3d_fullres vtunetTrainerV2_vtunet_tumor 3 0 &> small_out &
CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 nohup vtunet_train 3d_fullres vtunetTrainerV2_vtunet_tumor_base 3 0 &> base_out &

模型测试

训练完成后，使用以下命令进行模型测试：

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 vtunet_predict -i input_folder -o output_folder -t 3 -m 3d_fullres

应用案例和最佳实践

VT-UNet 在多个医学图像分割任务中表现出色，特别是在3D肿瘤分割领域。最佳实践包括：

1. 数据预处理：确保数据集的格式和质量符合要求，以提高模型的准确性。
2. 超参数调整：根据具体任务调整学习率、批大小等超参数，以获得最佳性能。
3. 模型评估：使用交叉验证和多种评估指标（如Dice系数、IoU）来评估模型性能。

典型生态项目

VT-UNet 可以与以下生态项目结合使用，以扩展其功能和应用范围：

1. nn-UNet：一个广泛使用的医学图像分割框架，可以与VT-UNet结合使用，提供更丰富的功能和工具。
2. MONAI：一个专为医学图像分析设计的开源框架，提供了一系列高效的工具和模块，可与VT-UNet协同工作。
3. PyTorch Lightning：一个轻量级的PyTorch封装，用于简化训练和部署过程，可以与VT-UNet结合使用，提高开发效率。

通过结合这些生态项目，VT-UNet 可以更好地满足不同场景下的医学图像分割需求。

VT-UNet项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/vt/VT-UNet