breseq 项目教程

breseq 项目教程

breseq breseq is a computational pipeline for finding mutations relative to a reference sequence in short-read DNA resequencing data. It is intended for haploid microbial genomes (<20 Mb). breseq is a command line tool implemented in C++ and R. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/breseq

1. 项目的目录结构及介绍

breseq 项目的目录结构如下：

breseq/
├── aux_build/
│   └── m4/
├── extern/
│   └── ports/
├── src/
├── tests/
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── AUTHORS
├── COPYING
├── ChangeLog
├── DEVELOPER
├── LICENSE
├── Makefile.am
├── NEWS
├── README
├── README-BINARY
├── README.md
├── binarydist.sh
├── bootstrap.sh
├── configure.ac
├── dev-environment.yml
└── run-environment.yml

目录介绍：

• aux_build/: 包含构建过程中所需的辅助文件，如 m4 宏文件。
• extern/: 包含外部依赖的端口文件。
• src/: 包含项目的源代码文件。
• tests/: 包含项目的测试文件。
• .gitignore: Git 忽略文件列表。
• .travis.yml: Travis CI 配置文件。
• AUTHORS: 项目作者列表。
• COPYING: 许可证文件。
• ChangeLog: 项目变更日志。
• DEVELOPER: 开发者相关信息。
• LICENSE: 许可证文件。
• Makefile.am: Automake 配置文件。
• NEWS: 项目新闻和更新信息。
• README: 项目介绍文件。
• README-BINARY: 二进制文件介绍。
• README.md: Markdown 格式的项目介绍文件。
• binarydist.sh: 二进制分发脚本。
• bootstrap.sh: 引导脚本。
• configure.ac: Autoconf 配置文件。
• dev-environment.yml: 开发环境配置文件。
• run-environment.yml: 运行环境配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

breseq 项目的启动文件主要是 src/ 目录下的源代码文件。具体来说，主要的启动文件包括：

• src/main.cpp: 这是 breseq 的主程序入口文件，包含了程序的主要逻辑和初始化代码。
• src/breseq.cpp: 这是 breseq 的核心功能实现文件，包含了处理 DNA 序列数据的主要算法和逻辑。

3. 项目的配置文件介绍

breseq 项目的配置文件主要包括以下几个：

• .travis.yml: 这是 Travis CI 的配置文件，用于自动化测试和持续集成。
• Makefile.am: 这是 Automake 的配置文件，用于定义项目的构建规则和依赖关系。
• configure.ac: 这是 Autoconf 的配置文件，用于生成 configure 脚本，帮助用户配置和编译项目。
• dev-environment.yml: 这是开发环境的配置文件，通常用于定义开发环境的依赖和配置。
• run-environment.yml: 这是运行环境的配置文件，通常用于定义运行环境的依赖和配置。

这些配置文件帮助用户和开发者配置、构建和运行 breseq 项目。

breseq breseq is a computational pipeline for finding mutations relative to a reference sequence in short-read DNA resequencing data. It is intended for haploid microbial genomes (<20 Mb). breseq is a command line tool implemented in C++ and R. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/br/breseq