qiime2R 项目使用教程

qiime2R 项目使用教程

qiime2RImport qiime2 artifacts to R项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qi/qiime2R

1. 项目的目录结构及介绍

qiime2R 项目的目录结构如下：

qiime2R/
├── R/
│   ├── read_qza.R
│   ├── qza_to_phyloseq.R
│   └── ...
├── inst/
│   ├── doc/
│   └── ...
├── man/
│   ├── read_qza.Rd
│   └── ...
├── vignettes/
│   ├── qiime2R_tutorial.Rmd
│   └── ...
├── DESCRIPTION
├── NAMESPACE
├── LICENSE
├── README.md
└── ...

目录结构介绍

• R/: 包含项目的所有 R 脚本文件，每个文件对应一个功能函数。
• inst/: 包含项目的文档和其他资源文件。
• man/: 包含项目的帮助文档文件。
• vignettes/: 包含项目的教程和示例文件。
• DESCRIPTION: 项目的描述文件，包含项目的基本信息和依赖关系。
• NAMESPACE: 项目的命名空间文件，定义了项目的导出和导入函数。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明文件。

2. 项目的启动文件介绍

qiime2R 项目的启动文件是 R/read_qza.R，该文件定义了 read_qza 函数，用于读取 QIIME2 的 .qza 文件。

启动文件介绍

• read_qza.R: 该文件定义了 read_qza 函数，用于读取 QIIME2 的 .qza 文件，并将其解包为临时目录，读取其中的原始数据和关联元数据。

3. 项目的配置文件介绍

qiime2R 项目的配置文件是 DESCRIPTION，该文件包含了项目的基本信息和依赖关系。

配置文件介绍

• DESCRIPTION: 该文件包含了项目的基本信息，如项目名称、版本、作者、许可证等，以及项目的依赖关系，如依赖的 R 包和其他外部资源。

Package: qiime2R
Version: 0.99.6
Title: Import QIIME2 artifacts to R
Description: This package is trying to simplify the process of getting the artifact into R without discarding any of the associated data through a simple read_qza function.
Author: Jordan Bisanz <jordan.bisanz@gmail.com>
Maintainer: Jordan Bisanz <jordan.bisanz@gmail.com>
License: MIT + file LICENSE
Imports: ape, Biostrings, dplyr, ggplot2, phyloseq, S4Vectors, SummarizedExperiment, tibble, tidyr

以上是 qiime2R 项目的基本使用教程，包含了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助。

qiime2RImport qiime2 artifacts to R项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qi/qiime2R