UNETR 开源项目教程

UNETR 开源项目教程

UNETRUnofficial code base for UNETR: Transformers for 3D Medical Image Segmentation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/un/UNETR

1. 项目的目录结构及介绍

UNETR 项目的目录结构如下：

UNETR/
├── data/
│   └── README.md
├── models/
│   ├── __init__.py
│   ├── unetr.py
│   └── utils.py
├── scripts/
│   ├── train.py
│   └── evaluate.py
├── configs/
│   └── config.yaml
├── README.md
└── requirements.txt

目录结构介绍

• data/: 存放数据集的目录。
• models/: 包含模型的定义和相关工具函数。
  • unetr.py: 定义 UNETR 模型的主要文件。
  • utils.py: 包含一些辅助函数。
• scripts/: 包含训练和评估脚本。
  • train.py: 用于训练模型的脚本。
  • evaluate.py: 用于评估模型的脚本。
• configs/: 存放配置文件。
  • config.yaml: 项目的配置文件。
• README.md: 项目说明文档。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要位于 scripts/ 目录下：

• train.py: 这是训练模型的主要启动文件。它读取配置文件，加载数据，初始化模型，并开始训练过程。
• evaluate.py: 这是评估模型的主要启动文件。它加载已训练的模型，读取测试数据，并进行评估。

使用方法

# 训练模型
python scripts/train.py --config configs/config.yaml

# 评估模型
python scripts/evaluate.py --config configs/config.yaml

3. 项目的配置文件介绍

配置文件位于 configs/ 目录下，名为 config.yaml。该文件包含了项目运行所需的各种配置参数。

配置文件内容示例

data:
  path: "data/"
  batch_size: 8

model:
  input_channels: 1
  output_channels: 1

training:
  epochs: 100
  learning_rate: 0.001

evaluation:
  metrics: ["accuracy", "f1_score"]

配置文件参数介绍

• data: 数据相关配置。
  • path: 数据集路径。
  • batch_size: 批处理大小。
• model: 模型相关配置。
  • input_channels: 输入通道数。
  • output_channels: 输出通道数。
• training: 训练相关配置。
  • epochs: 训练轮数。
  • learning_rate: 学习率。
• evaluation: 评估相关配置。
  • metrics: 评估指标列表。

通过修改 config.yaml 文件，可以调整项目的运行参数，以适应不同的需求和环境。

UNETRUnofficial code base for UNETR: Transformers for 3D Medical Image Segmentation项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/un/UNETR