VEP_plugins 开源项目教程

VEP_plugins 开源项目教程

VEP_pluginsPlugins for the Ensembl Variant Effect Predictor (VEP)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ve/VEP_plugins

1. 项目的目录结构及介绍

VEP_plugins 项目的目录结构如下：

VEP_plugins/
├── LICENSE
├── README.md
├── example_plugin.pm
├── plugins
│   ├── CADD.pm
│   ├── Carol.pm
│   ├── Condel.pm
│   ├── dbNSFP.pm
│   ├── ExAC.pm
│   ├── FATHMM.pm
│   ├── GeneSplicer.pm
│   ├── MaxEntScan.pm
│   ├── MutationTaster.pm
│   ├── NearestExonJB.pm
│   ├── Phenotypes.pm
│   ├── PolyPhen.pm
│   ├── SpliceRegion.pm
│   ├── dbscSNV.pm
│   └── other_plugins
├── scripts
│   └── install_plugins.pl
└── t
    └── 00_Basic.t

目录介绍

• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的说明文档。
• example_plugin.pm: 示例插件文件。
• plugins/: 包含所有插件的目录。
  • CADD.pm, Carol.pm, Condel.pm, 等等: 具体的插件文件。
• scripts/: 包含安装插件的脚本。
  • install_plugins.pl: 安装插件的脚本。
• t/: 包含测试文件的目录。
  • 00_Basic.t: 基本的测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 scripts/install_plugins.pl。这个脚本用于安装和管理 VEP 插件。

启动文件介绍

• install_plugins.pl: 这是一个 Perl 脚本，用于安装和更新 VEP 插件。它可以从指定的插件目录中安装插件，并确保插件与 VEP 版本兼容。

3. 项目的配置文件介绍

VEP_plugins 项目没有明确的配置文件，但每个插件文件（如 plugins/CADD.pm）通常包含插件的配置信息和逻辑。

插件文件介绍

• plugins/CADD.pm: 这是一个具体的插件文件，包含了插件的配置信息和功能逻辑。每个插件文件通常包含以下部分：
  • new: 插件的初始化方法。
  • info: 插件的信息和描述。
  • run: 插件的主要功能逻辑。

通过这些插件文件，用户可以根据需要启用或禁用特定的插件功能。

VEP_pluginsPlugins for the Ensembl Variant Effect Predictor (VEP)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ve/VEP_plugins