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RSS订阅原创 CHIP-Seq数据分析流程
文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转bam为bam文件建立索引载入IGV查看用MACS call peak安装MACS结果注释与可视化CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装所需要的软件有sratoolkit, fastqc,bowtie2,samtools,macs2,htseq-count,bedtools和前面RNA-seq数据分析
2020-11-10 20:11:44
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原创 RNA-Seq数据分析流程
文章目录RNA-seq 数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引reads的比对情况统计计数 counts差异基因分析RNA-seq 数据分析流程相关软件安装可以安装 conda,在后续其他软件安装时非常好用。可自行百度进行安装可根据文献调研，转录组数据分析所需软件列表：质控fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt
2020-11-03 13:09:43
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转载 全外显子数据分析流程
文章目录WES全外显子数据分析流程WES相关软件下载安装下载GATK4.X版本配置环境变量下载GATK需要的参考文件下载好后用bwa构建索引比对查看bam文件一步法找变异流程先查看bam文件最简单的找变异流程GATK完整找变异流程定义变量标记PCR重复readsWES全外显子数据分析流程WES相关软件下载安装#conda安装前要先search一下conda search snpeffconda install sra-toolsconda install samtoolsconda insta
2020-08-28 21:31:07
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原创 原始文库数据分析
文章目录clean data解压使用工具trinity，从头组装clean data解压测序公司给出的数据都是clean data，所以可以直接进行解压gunzip *.gz解压之后进行组装使用工具trinity，从头组装使用Trinity之前需要安装bowtie2和salmon最新版本，bowtie2安装：sudo apt install bowtie2salmon安装：...
2019-07-03 16:43:00
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原创 cytoscape的安装以及核心基因分析
文章目录cytoscape的下载安装下载改变属性安装插件安装，CytoHubbacytoscape的下载安装下载axel -n 20 https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/download/3.7.1/Cytoscape_3_7_1_unix.sh改变属性chmod a+x Cytoscape_3_7_1_unix.sh安...
2019-07-01 19:53:19
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原创 Creating a phased VCF of proximal variants
文章目录By default, pVACseq will evaluate all somatic variants in the input VCF in isolation. As a result, if a somatic variant of interest has other somatic or germline variants in proximity, the calcul...
2019-05-08 12:12:32
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原创 Adding expression data to your VCF
文章目录Using the vcf-expression-annotator to add expression information to your VCFInstalling the vcf-expression-annotatorrunning vcf-expression-annotatorAdding expression data to your VCFpVACseq is ab...
2019-05-08 12:10:06
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原创 Adding coverage data to your VCF
文章目录Using the vcf-readcount-annotator to add coverage information to your VCF.Installing vtInstalling bam-readcount需要提前安装 git 和 cmake安装cmake的另一种方式用 git 来下载 bam-readcount编译安装Installing the vcf-readcoun...
2019-05-08 11:18:09
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原创 pvacseq数据分析示例之准备数据，用VEP注释vcffile
文章目录准备数据安装VEPpVACseqA cancer immunotherapy pipeline for identifying and prioritizing neoantigens from a list of tumor mutations.一种癌症免疫治疗用于从肿瘤突变列表中识别和优先选择新抗原的方法。pVACseq是一种结合肿瘤突变和表达数据(DNA-和RNA-Seq)，...
2019-04-19 18:12:37
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原创 Python设计一个小游戏
最开始的游戏版本：print('……………………………………我爱美美小仙女…………………………')temp = input("不妨猜一下你媳妇现在心里想的是哪个数字:")guss = int(temp)##用int将字符型转换为整型if guss ==1: print("我好爱你哦，这都能猜对") print("哼，猜中了也没有奖励")else: pr
2019-03-14 20:26:16
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原创 python学习
文章目录内置函数：下载安装网址：https://www.python.org安装成功之后，搜索IDLE shellAlt+N 下一条命令ALT+P 上一条命令打开IDLE，Ctrl+N 新建文本Python里面没有大括号，所以用 TAB 键，也就是缩进来表示层次关系内置函数：print 打印，输出int 转换为整型input 键入内容...
2019-03-13 17:31:53
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原创 pvacVector的使用
文章目录PrerequisitesA fasta fileA pVACseq output TSVGetting Started准备数据Download Example DataList Valid AllelesList Allele-Specific CutoffsUsageRun pVACvector with a pVACseq output TSVRun with an input FA...
2019-03-08 17:01:16
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原创 pvacfuse的使用
文章目录Prerequisites（准备工作）Fusion detection and annotation（融合基因检测和注释）Getting Started示例数据下载，准备Download Example DataList Valid AllelesList Allele-Specific Cutoffspvacfuse 运行pvacfuse是pvactools的一个工作组件，用来预测融合...
2019-03-07 18:32:34
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原创 Linux系统中重命名文件
文章目录Linux系统中文件重命名mv方式重命名Linux系统中文件重命名重命名 result ，命名为 pvacseq_resultmv方式重命名mv result pvacseq_resultmv后面跟待修改文件名的文件， 后面是文件的新名字，mv成功将 result 重命名为 pvacseq_result...
2019-03-07 17:01:36
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原创 pvacseq的使用
文章目录PvacseqD的使用PvacseqD的使用前面下载好了示例数据之后，开始准备对数据进行分析。command如下：pvacseq run \<example_data_dir>/input.vcf \Test \HLA-A*02:01,HLA-B*35:01,DRB1*11:01 \MHCflurry MHCnuggetsI MHCnuggetsII NNali...
2019-03-06 18:45:30
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空空如也
空空如也
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