RGN 开源项目使用教程

RGN 开源项目使用教程

rgnRecurrent Geometric Networks for end-to-end differentiable learning of protein structure项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rg/rgn

1. 项目的目录结构及介绍

rgn/
├── README.md
├── setup.py
├── rgn/
│   ├── __init__.py
│   ├── main.py
│   ├── config.py
│   ├── utils/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── helper.py
│   ├── models/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── model1.py
│   │   ├── model2.py
│   ├── data/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── dataset1.py
│   │   ├── dataset2.py

• README.md: 项目介绍和使用说明。
• setup.py: 项目安装脚本。
• rgn/: 项目主目录。
  • __init__.py: 初始化文件。
  • main.py: 项目启动文件。
  • config.py: 项目配置文件。
  • utils/: 工具函数目录。
    • helper.py: 辅助函数文件。
  • models/: 模型目录。
    • model1.py, model2.py: 具体模型实现。
  • data/: 数据处理目录。
    • dataset1.py, dataset2.py: 数据集处理文件。

2. 项目的启动文件介绍

main.py 是项目的启动文件，负责初始化配置、加载数据、启动模型训练或预测等核心功能。以下是 main.py 的基本结构：

import config
from models import model1, model2
from data import dataset1, dataset2
from utils import helper

def main():
    # 加载配置
    cfg = config.load_config()
    
    # 加载数据
    data1 = dataset1.load_data(cfg)
    data2 = dataset2.load_data(cfg)
    
    # 初始化模型
    model = model1.Model(cfg)
    
    # 训练模型
    model.train(data1, data2)
    
    # 预测
    predictions = model.predict(data1)
    
    # 其他后续处理
    helper.post_process(predictions)

if __name__ == "__main__":
    main()

3. 项目的配置文件介绍

config.py 是项目的配置文件，负责管理项目的各种参数和设置。以下是 config.py 的基本结构：

import yaml

def load_config(config_path='config.yaml'):
    with open(config_path, 'r') as f:
        config = yaml.safe_load(f)
    return config

def save_config(config, config_path='config.yaml'):
    with open(config_path, 'w') as f:
        yaml.dump(config, f)

# 示例配置
default_config = {
    'learning_rate': 0.001,
    'batch_size': 32,
    'num_epochs': 10,
    'data_path': 'data/dataset1.csv',
    'model_path': 'models/model1.pth'
}

if __name__ == "__main__":
    save_config(default_config)

配置文件通常使用 YAML 格式，便于阅读和修改。load_config 函数用于加载配置，save_config 函数用于保存配置。默认配置包含学习率、批次大小、训练轮数等关键参数。

rgnRecurrent Geometric Networks for end-to-end differentiable learning of protein structure项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/rg/rgn