Cellpose 项目使用教程

Cellpose 项目使用教程

cellpose项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellpose

1. 项目的目录结构及介绍

Cellpose 项目的目录结构如下：

cellpose/
├── cellpose
│   ├── __init__.py
│   ├── core.py
│   ├── models.py
│   ├── utils.py
│   ├── plot.py
│   ├── io.py
│   ├── gui.py
│   ├── dynamics.py
│   ├── metrics.py
│   ├── transforms.py
│   ├── dataset.py
│   ├── train.py
│   ├── eval.py
│   ├── setup.py
│   ├── Dockerfile
│   ├── requirements.txt
│   ├── README.md
│   ├── LICENSE
│   ├── CONTRIBUTING.md
│   ├── examples
│   │   ├── example1.png
│   │   ├── example2.png
│   │   └── ...
│   ├── docs
│   │   ├── index.md
│   │   ├── installation.md
│   │   ├── usage.md
│   │   └── ...
│   ├── models
│   │   ├── cyto_0
│   │   ├── cyto_1
│   │   └── ...
│   └── tests
│       ├── test_core.py
│       ├── test_models.py
│       └── ...
├── scripts
│   ├── train_model.py
│   ├── eval_model.py
│   └── ...
├── notebooks
│   ├── tutorial.ipynb
│   ├── advanced_usage.ipynb
│   └── ...
└── data
    ├── train
    │   ├── images
    │   └── masks
    ├── test
    │   ├── images
    │   └── masks
    └── ...

目录结构介绍

• cellpose/: 项目的主目录，包含了所有的源代码和配置文件。
  • cellpose/: 核心代码目录，包含了项目的所有 Python 模块。
    • __init__.py: 初始化文件。
    • core.py: 核心功能模块。
    • models.py: 模型定义模块。
    • utils.py: 工具函数模块。
    • plot.py: 绘图功能模块。
    • io.py: 输入输出模块。
    • gui.py: 图形用户界面模块。
    • dynamics.py: 动态处理模块。
    • metrics.py: 评估指标模块。
    • transforms.py: 数据变换模块。
    • dataset.py: 数据集处理模块。
    • train.py: 训练模块。
    • eval.py: 评估模块。
    • setup.py: 安装配置文件。
    • Dockerfile: Docker 配置文件。
    • requirements.txt: 依赖包列表。
    • README.md: 项目说明文档。
    • LICENSE: 许可证文件。
    • CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
    • examples/: 示例图像目录。
    • docs/: 文档目录。
    • models/: 预训练模型目录。
    • tests/: 测试代码目录。
  • scripts/: 脚本目录，包含一些辅助脚本。
  • notebooks/: Jupyter Notebook 目录，包含一些教程和示例。
  • data/: 数据目录，包含训练和测试数据。

2. 项目的启动文件介绍

Cellpose 项目的启动文件是 cellpose/gui.py。这个文件包含了图形用户界面的主入口点，用户可以通过运行这个文件来启动 Cellpose 的 GUI 界面。

python cellpose/gui.py

启动文件介绍

• gui.py: 图形用户界面的主入口点，提供了用户友好的界面来操作 Cellpose 的功能。

3. 项目的配置文件介绍

Cellpose 项目的配置文件主要包括 setup.py 和 requirements.txt。

配置文件介绍

• setup.py: 安装配置文件，用于项目的打包和安装。
• requirements.txt: 依赖包列表，列出了项目运行所需的 Python 包及其版本。

通过这些配置文件，用户可以方便地安装和配置 Cellpose 项目。

pip install -r requirements.txt
python setup.py install

cellpose项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellpose