Cellpose的安装与使用

文章链接

网页端：http://www.cellpose.org/

PC端：

安装：

1. 安装anaconda，记得选中添加到环境变量 安装推荐教程
2. 下载https://github.com/MouseLand/cellpose中的environment.yml文件。直接下载
3. 打开一个anaconda prompt命令终端
   
4. 进入保存environment.yml的目录， 运行 conda env create -f environment.yml
5. 运行conda activate cellpose激活环境
6. pip install matplotlib 安装 matplotlib
7. pip install cellpose[gui] 安装cellpose界面
8. 使用 python –m cellpose 运行软件

使用：

软件启动执行上述步骤3, 5, 8。

1. 拖入或打开图片
2. 设置模型
   a) cyto or nuclei
   b) 选择通道
3. 执行校准，估测大小
4. 执行分割

Cellpose不止能分割细胞图像，也可以对类似的图像进行分割，如液滴图像。
液滴分割：

启动失败的错误处理

根据蓝色框中的路径找到gui.py文件，打开后注释掉121行 122行。（句首加#号注释）