Nextstrain Augur 项目教程

Nextstrain Augur 项目教程

augur Pipeline components for real-time phylodynamic analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/augu/augur

1. 项目的目录结构及介绍

Nextstrain Augur 项目的目录结构如下：

augur/
├── augur/
│   ├── __init__.py
│   ├── align.py
│   ├── ancestral.py
│   ├── build_tree.py
│   ├── filter.py
│   ├── mask.py
│   ├── refine.py
│   ├── traits.py
│   ├── translate.py
│   ├── tree.py
│   ├── utils.py
│   └── validate.py
├── bin/
│   ├── augur
│   └── augur.bat
├── docs/
│   ├── Makefile
│   ├── _static/
│   ├── _templates/
│   ├── conf.py
│   ├── index.rst
│   └── ...
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   ├── test_align.py
│   ├── test_ancestral.py
│   ├── test_build_tree.py
│   ├── test_filter.py
│   ├── test_mask.py
│   ├── test_refine.py
│   ├── test_traits.py
│   ├── test_translate.py
│   ├── test_tree.py
│   ├── test_utils.py
│   └── test_validate.py
├── .gitignore
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.cfg
└── setup.py

目录结构介绍

• augur/: 包含 Augur 的核心代码，每个 Python 文件对应一个功能模块。
• bin/: 包含 Augur 的可执行文件，适用于不同操作系统。
• docs/: 包含项目的文档文件，使用 Sphinx 生成。
• tests/: 包含项目的单元测试代码。
• .gitignore: 指定 Git 忽略的文件和目录。
• LICENSE: 项目的开源许可证。
• MANIFEST.in: 指定在打包时包含的文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.cfg: 项目的配置文件。
• setup.py: 用于安装项目的脚本。

2. 项目的启动文件介绍

Augur 项目的启动文件位于 bin/ 目录下：

• bin/augur: 适用于 Unix 系统的可执行文件。
• bin/augur.bat: 适用于 Windows 系统的可执行文件。

这些启动文件是 Augur 命令行工具的入口，用户可以通过这些文件直接运行 Augur 的命令。

3. 项目的配置文件介绍

Augur 项目的配置文件主要包括以下几个部分：

• setup.cfg: 包含项目的元数据和配置信息，如包的名称、版本、作者等。
• requirements.txt: 列出了项目依赖的 Python 包及其版本。
• MANIFEST.in: 指定在打包时包含的文件，如非 Python 文件、文档等。

这些配置文件帮助用户了解项目的依赖关系、打包方式以及项目的元数据信息。

augur Pipeline components for real-time phylodynamic analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/augu/augur