ETE Toolkit 使用教程

ETE Toolkit 使用教程

ete Python package for building, comparing, annotating, manipulating and visualising trees. It provides a comprehensive API and a collection of command line tools, including utilities to work with the NCBI taxonomy tree. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/et/ete

1. 项目介绍

ETE（Environment for Tree Exploration）是一个用于构建、比较、注释、操作和可视化树结构的Python包。它提供了全面的API和一系列命令行工具，包括与NCBI分类树一起工作的实用程序。ETE的主要功能包括：

• 支持Newick格式树的读写
• 多种遍历、搜索和操作树拓扑和节点注释的功能
• 与NCBI分类数据库和GTDB数据库的集成
• 基于自适应缩放的巨大树的可视化
• 树的比较和系统发育功能

ETE的官方网站是 http://etetoolkit.org，您可以在那里找到下载说明和进一步的文档。

2. 项目快速启动

安装

快速安装

pip install https://github.com/etetoolkit/ete/archive/ete4.zip

本地开发安装

1. 克隆仓库：

git clone https://github.com/etetoolkit/ete.git

2. 安装依赖：

如果您使用conda：

conda install -c conda-forge cython bottle brotli numpy scipy

否则，使用pip安装：

pip install cython bottle brotli numpy scipy

3. 从仓库根目录构建和安装ete4：

pip install -e .

探索树

要加载一个树文件（例如my_tree.nw）并开始交互式探索，可以使用ete4实用程序：

ete4 explore -t my_tree.nw

或者在Python会话中：

from ete4 import Tree
t = Tree(open('my_tree.nw'))
t.explore()

这将打开一个浏览器窗口，提供一个界面来探索树。

3. 应用案例和最佳实践

案例1：系统发育树的构建与可视化

假设您有一组基因序列，您可以使用ETE来构建系统发育树并进行可视化。以下是一个简单的示例：

from ete4 import Tree, PhyloTree

# 假设您已经通过某种方法获得了基因序列
# 使用PhyloTree构建树
t = PhyloTree('(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4):0.5);')

# 可视化树
t.render("my_tree.png")

案例2：树的比较

ETE提供了强大的树比较功能。以下是一个简单的示例，展示如何比较两个树：

from ete4 import Tree

tree1 = Tree('(A:1,B:1,(C:1,D:1):1);')
tree2 = Tree('(A:1,B:1,(C:1,E:1):1);')

# 计算树的差异
diff = tree1.compare(tree2)
print(diff)

4. 典型生态项目

项目1：NCBI分类树的集成

ETE提供了与NCBI分类数据库的集成，使得用户可以轻松地将分类信息添加到树中。以下是一个简单的示例：

from ete4 import NCBITaxa

ncbi = NCBITaxa()
tree = ncbi.get_topology([9606, 10090, 10116])  # 人类、小鼠、大鼠
tree.render("ncbi_tree.png")

项目2：GTDB数据库的集成

ETE还支持与GTDB（Genome Taxonomy Database）的集成，使得用户可以处理微生物的分类信息。以下是一个简单的示例：

from ete4 import GTDB

gtdb = GTDB()
tree = gtdb.get_topology(['GCA_000005845.2', 'GCA_000005645.2'])
tree.render("gtdb_tree.png")

通过这些示例，您可以了解ETE在处理和可视化树结构方面的强大功能。

ete Python package for building, comparing, annotating, manipulating and visualising trees. It provides a comprehensive API and a collection of command line tools, including utilities to work with the NCBI taxonomy tree. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/et/ete