ETE3 全称为"python Environment for Tree Exploration Toolkit version 3",是一个Python库,用于生物信息学领域,特别是构建、操作和渲染进化树。它提供了一个高级API,可以方便地读取多种格式的基因组数据(如新ick、nhx、phylip等),进行树的构建、搜索、修饰,以及进行一些基本的比较和分析。ete3 支持各种图形输出,包括PDF、SVG、HTML和PNG,使得生成美观的科学报告变得简单。
使用ETE3,你可以完成的任务包括:
1. 构建和解析进化树文件。
2. 进行树的遍历和操作,比如分支长度调整、节点添加删除等。
3. 执行常见的生物统计分析,如分支和支持度计算。
4. 创建交互式可视化的网页应用,展示和探索树木结构。
conda install -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps
D:\Python39> pip install ete3
Downloading ete3-3.1.3.tar.gz (4.8 MB)
Successfully built ete3
Installing collected packages: ete3
Successfully installed ete3-3.1.3
--- pip show ete3
Summary: A Python Environment for (phylogenetic) Tree Exploration
Home-page: http://etetoolkit.org
D:\Python39\Scripts>where ete3
D:\Python39\Scripts\ete3.exe
D:\Python39\Scri