MISO LIMS 项目下载及安装教程

最新推荐文章于 2024-11-06 02:26:19 发布

贺琪歌Francesca

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MISO LIMS 项目下载及安装教程

miso-lims MISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims

1、项目介绍

MISO（Management and Integration System for Omics）是一个开源的实验室信息管理系统（LIMS），专为下一代测序（NGS）中心设计。MISO 提供了全面的实验室管理功能，包括样本追踪、实验流程管理、数据分析等。它旨在帮助实验室提高工作效率，确保数据的准确性和可追溯性。

2、项目下载位置

MISO LIMS 项目托管在 GitHub 上，可以通过以下链接进行下载：

MISO LIMS GitHub 仓库

你可以使用 git clone 命令来下载项目：

git clone https://github.com/miso-lims/miso-lims.git

3、项目安装环境配置且需包括图片示例

3.1 环境要求

在安装 MISO LIMS 之前，请确保你的系统满足以下要求：

Docker 18.06.0+
Docker Compose

3.2 安装 Docker 和 Docker Compose

3.2.1 安装 Docker

在 Ubuntu 系统上，可以使用以下命令安装 Docker：

sudo apt-get update
sudo apt-get install docker.io

安装完成后，启动 Docker 服务：

sudo systemctl start docker
sudo systemctl enable docker

3.2.2 安装 Docker Compose

在 Ubuntu 系统上，可以使用以下命令安装 Docker Compose：

sudo apt-get update
sudo apt-get install docker-compose

3.3 环境配置示例

以下是配置 Docker 和 Docker Compose 的示例截图：

Docker 安装示例

Docker Compose 安装示例

4、项目安装方式

4.1 使用 Docker Compose 启动 MISO LIMS

wget https://github.com/miso-lims/miso-lims/archive/master.zip
unzip master.zip
mv miso-lims-master/docker miso-lims-compose
rm -r master.zip miso-lims-master/

配置环境变量：

export MISO_DB_USER=tgaclims
export MISO_DB=lims
export MISO_DB_PASSWORD_FILE=/miso_db_password
export MISO_TAG=latest
echo "changeme" > /miso_db_password

启动 MISO LIMS：

cd miso-lims-compose
docker-compose -f demo-plain.yml up

4.2 访问 MISO LIMS

启动完成后，打开浏览器并访问 http://localhost，使用默认用户名 admin 和密码 admin 登录。

5、项目处理脚本

MISO LIMS 提供了一些处理脚本，用于自动化任务和数据迁移。以下是一些常用的脚本：

compact-changelog.sh：压缩变更日志。
compact-migrations.sh：压缩数据库迁移脚本。
promote_release.sh：发布版本提升脚本。
release.sh：发布脚本。

这些脚本可以在项目的根目录下找到，并根据需要进行修改和执行。

通过以上步骤，你可以成功下载并安装 MISO LIMS 项目。希望这篇教程对你有所帮助！

miso-lims MISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims