SimpleITK简介
SimpleITK是在Insight Toolkit (ITK)的基础上构建的简化工具。相信接触过医学图像处理的都会了解过这个工具,SimpleITK可以很便捷的读取医学图像的格式,如二维的.dicom格式以及三维图像的.nii格式,并对图像中的诸如体素,方向等等基本信息进行处理。SimpleITK包含了R语言,Java,Python等等常见语言的接口,本文主要以Python作为研究对象。
本文的相关内容主要参照SimpleITK的Jupyter Notebook文档作为标准,如果英文较好也可以直接查看官方文档。
SimpleITK的安装
SimpleITK的安装比较方便,可以选择pip和conda的安装方式。
pip install SimpleITK
conda install SimpleITK
如果有conda环境建议直接使用conda安装,会配置好conda的相关依赖。依赖的包主要包括numpy、matplotlib等等。
安装完成后可以直接引入SimpleITK尝试是否安装成功,SimpleITK一般会使用sitk作为缩写。
import SimpleITK as sitk
SimpleITK的可视化配置
SimpleITK自带可视化方法sitk.show(),但是其需要调用第三方显示工具,默认使用Fiji作为可视化工具,同时也可以自己配置ITK-SNAP或3D Slicer,我们使用默认工具配置。
首先需要下载Fiji并解压到自己指定的文件夹下,找到文件夹中ImageJ.exe的路径,并配置环境变量,在cmd下配置方法如下:
setx SITK_SHOW_COMMAND "E:\Research_space\Fiji.app\ImageJ-win64.exe"
重启电脑或jupyter notebook后可以尝试sitk.show()
Fiji是一个java开发的可视化工具,如果运行异常先检查自己的电脑中是否存在java环境,可视成功调用后显示的图像如下所示:
至此,SimpleITK的安装和基本配置完成。