医学影像处理工具：SimpleITK学习笔记（一）安装和常见问题

SimpleITK简介

SimpleITK是在Insight Toolkit (ITK)的基础上构建的简化工具。相信接触过医学图像处理的都会了解过这个工具，SimpleITK可以很便捷的读取医学图像的格式，如二维的.dicom格式以及三维图像的.nii格式，并对图像中的诸如体素，方向等等基本信息进行处理。SimpleITK包含了R语言，Java，Python等等常见语言的接口，本文主要以Python作为研究对象。

本文的相关内容主要参照SimpleITK的Jupyter Notebook文档作为标准，如果英文较好也可以直接查看官方文档。

SimpleITK的安装

SimpleITK的安装比较方便，可以选择pip和conda的安装方式。

pip install SimpleITK
conda install SimpleITK

如果有conda环境建议直接使用conda安装，会配置好conda的相关依赖。依赖的包主要包括numpy、matplotlib等等。

安装完成后可以直接引入SimpleITK尝试是否安装成功，SimpleITK一般会使用sitk作为缩写。

import SimpleITK as sitk

SimpleITK的可视化配置

SimpleITK自带可视化方法sitk.show()，但是其需要调用第三方显示工具，默认使用Fiji作为可视化工具，同时也可以自己配置ITK-SNAP或3D Slicer，我们使用默认工具配置。

首先需要下载Fiji并解压到自己指定的文件夹下，找到文件夹中ImageJ.exe的路径，并配置环境变量，在cmd下配置方法如下：

setx SITK_SHOW_COMMAND "E:\Research_space\Fiji.app\ImageJ-win64.exe"

重启电脑或jupyter notebook后可以尝试sitk.show()

Fiji是一个java开发的可视化工具，如果运行异常先检查自己的电脑中是否存在java环境，可视成功调用后显示的图像如下所示：

至此，SimpleITK的安装和基本配置完成。