Material Studio中分子动力学模拟得到密度density和溶解度参数

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分类专栏： Material Studio 2020 文章标签： 笔记
于 2024-07-22 16:49:43 首次发布
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一、分子建模

        使用sketh工具画出全原子分子，以异辛烷为例子

二、分子几何优化

        选择Forcite GO Task，质量为ultra-fine，最大迭代步数为50000，最后点击run，力场设置为COMPASS，后续力场都为COMPASS。

三、AC盒子建立初始体系

        选择几何优化后的异辛烷文件，loading设置为50，起始密度设置为1，输出10帧，质量为ultra-fine，点击run。

四、AC盒子几何优化

        由于范德华力计算的截止半径有一条经验法则，即要求截止半径不超过盒子大小的一半，而此时所建立的AC盒子长为21.2埃，一半为10.6埃，且质量为medium情况下的截止半径为12.5埃

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材料仿真软件：Materials Studio_（12）.动力学模拟
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通过动力学模拟，可以预测分子或原子的运动轨迹，分析其动力学性质，如扩散系数、黏度、热导率等。Materials Studio 提供了多种动力学模拟工具，包括Forcite、Dmol3、CASTER等，每种工具都有其特定的应用场景和优势。模拟数据的后处理是动力学模拟的最后一步，包括数据的提取、分析和可视化。模拟数据的后处理是动力学模拟的最后一步，包括数据的提取、分析和可视化。模拟数据的后处理是动力学模拟的最后一步，包括数据的提取、分析和可视化。动力学模拟的结果可视化可以帮助研究人员更好地理解模拟过程和结果。
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获得化学物质溶解度参数的通常做法是查阅化学手册或者直接实验，然而，相当多的化学物质是化学手册中所没有的，而做实验既费时又费力，还消耗大量的实验经费。（4）MS的Forcite板块中的“动力学”程序对步骤（3）中所建立的待计算化学物质依次在NPT和NVT情况下进行合理时长的动力学优化，得到分子动力学轨迹文件；（3）MS的Forcite板块中的“退火”程序模拟实际情况下的温度变化，松弛分子间相对位置，对步骤（2）中经能量最小化处理的数据结构文件进行进一步优化；最后,有相关需求,欢迎通过公众号联系我们......
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1.新建CO2模型 （1）首先在MS中新建一个项目，命名为MD，然后把CO2的.pdb文件拖进来，.pdb文件可以根据GaussianView得到，百度也搜得到。 （2）然后建立块体。点击Modules➡Amorphous Cell➡Calculation。如图所示。 （3）选择块体的大小，输入分子的个数，其他参数可以再具体设置。如图所示。 （4）运行出来后出现下图所示的界...
全网最全！分子材料计算模拟软件Materials Studio安装教程（附安装包），以及使用教程！...
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Materials Studio软件(简称MS)是一款可以快速入门DFT计算的量化软件，它集建模与计算为一体，可以非常方便地进行计算。以我们专业需求为例，它可以计算材料的晶体性质(电子、光子、弹性、振动与热力学性质等)、表面性质(表面能、静电势、功函数等)、表面吸附性质(吸附能、差分电荷密度等)及过渡态搜索等性质。该软件具有windows与linux版本，对没有编程基础的同学非常友好。
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科学研究手段中，计算机模拟已经与理论、实验方法已成三足鼎立之势。分子动力学的模拟方法已在物理、化学、材料、生物等学科得到广泛的应用。为更好的推广和传播模拟的方法与技巧。近期有个分子动力学模拟技术的研讨会和LAMMPS培训服务，分享给大家。详细信息可以到www.isimuly.com查看：http://www.isimuly.com/forum.php?mod=viewthread&tid=...
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从头计算结合分子动力学模拟的方法提供了从量子力学到经典力学的桥梁，使得能够在原子水平上研究复杂体系的行为。通过使用DFT计算原子间相互作用并参数化经典力场，可以进行大规模的分子动力学模拟，从而获得丰富的物理和化学信息。
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分子动力学（Molecular Dynamics,MD)模拟（动力学模拟）是近年来飞速发展的一种分子模拟方法，它以经典力学、量子力学、统计力学为基础，利用计算机数值求解分子体系运动方程的方法，模拟研究分子体系的结构与性质。 作为继实验和理论两种研究方法后，研究分子体系结构与性质的第三种科学研究方法，分子动力学模拟已经被广泛应用于化学化工、材料科学与工程、物理、生物医药等科学和技术领域，起到越来越重要的作用。 该技术不仅可以得到原子的运动轨迹，还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的
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（一）Materials Studio材料模拟软件介绍 Materials Studio（简称MS）是分子模拟领域内的多种模拟方法以及建模可视化性质分析工具。提供三维结构模型，对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。可以从电子、原子以及高分子的角度去分析物质的结构与性质 利用的主要方法为：以密度泛函为主的量子力学模拟方法、分子力学和分子动力学模拟方法、蒙特卡罗模拟法、介观动力学(MesoDyn)和耗散粒子动力学（DPD）、统计方法QSAR等多种先进算法和X射线衍射分析等仪器分析方法，
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### 如何在 Material Studio 中配置和应用 Compass II 力场 #### 配置Compass II力场 为了在Material Studio中使用Compass II力场，需先确认所使用的版本支持该特定力场。通常情况下，在安装或更新软件时可以选择加入额外的力场包[^1]。 一旦确保环境已准备好，则可以在构建模型之前通过以下方式指定力场： - 打开Materials Visualizer并加载所需的分子结构文件。 - 利用Build模块下的功能创建新的化学物质或者修改现有实体。 - 当完成初步设计之后进入Properties窗口，找到Forcefield选项卡。 - 下拉菜单中选择“COMPASSII”，这一步骤会自动调整所有必要的参数以匹配选定力场所需条件[^2]。 对于更复杂的体系如交联聚合物，可能还需要编写Perl脚本来辅助生成初始构型，并确保这些特殊连接能够被正确识别与处理[^3]。 #### 应用实例：聚乙烯建模 具体到聚乙烯这类高分子化合物的例子上，可以通过如下流程来实现基于Compass II力场的研究工作： - 使用Amorphous Cell (AC) 工具快速生成含有多个重复单元组成的无定形固体样品。 - 设置数目为十个链长度不等但平均分布的空间排列形式作为研究对象的基础框架。 - 接下来切换至Forcite Plus界面执行几何优化过程；这里推荐采用Smart算法以获得更加精确的结果[^4]。 ```python from materials_studio import ForcitePlus # 假设已经有一个名为polyethylene_model的对象代表上述建立好的聚乙烯模型 optimizer = ForcitePlus() optimized_structure = optimizer.optimize_geometry(polyethylene_model, method='smart') ```
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