Material Studio中分子动力学模拟得到密度density和溶解度参数

一、分子建模

        使用sketh工具画出全原子分子，以异辛烷为例子

二、分子几何优化

        选择Forcite GO Task，质量为ultra-fine，最大迭代步数为50000，最后点击run，力场设置为COMPASS，后续力场都为COMPASS。

三、AC盒子建立初始体系

        选择几何优化后的异辛烷文件，loading设置为50，起始密度设置为1，输出10帧，质量为ultra-fine，点击run。

四、AC盒子几何优化

        由于范德华力计算的截止半径有一条经验法则，即要求截止半径不超过盒子大小的一半，而此时所建立的AC盒子长为21.2埃，一半为10.6埃，且质量为medium情况下的截止半径为12.5埃。故对盒子几何优化时选择质量为medium。

        选择AC建立后的10帧，使用Forcite Go，几何优化默认法则为smart，点击run。

        得到几何优化后的10帧，打开energy图像，查看能量最低的是哪一帧，选择该帧作为后续分子动力学的模型。

        可以看到第8帧能量最低，选第八帧作为后续MD的模型。

五、NPT系综下运行MD得到体系密度

        

六、溶解度参数的获得

        使用AC建立MD得到的目标密度的体系，几何优化，NVT系综下运行300ps，选中轨迹文件，使用CED任务运行即可得到溶解度参数的值。

        或者，直接选择平衡后的那一帧，运行300ps的NVT MD。