一、任务描述
通过Perl脚本实现单脚本,多任务,多步骤操作。步骤包括几何优化,AC产生10帧构象,对AC盒子进行几何优化,找到最低能量帧作为后续MD的模型,进行NPTMD,对MD后得到的轨迹文件进行分析(密度分析)。
二、脚本讲解
1.定义全局变量,提供用户输入参数。
包括$docnum(分子文件个数),$firstdoc(起始文件),$forcefield(力场类型),$loading(AC盒子中分子个数)
2.利用for循环实现多任务
3.循环体内实现多步骤,首先定义工作文件并执行几何优化
4.第二,几何优化完,使用AC模块装填50个分子,生成10帧随机构象
在装填之前,先通过if条件语句判断AC模块中是否已有分子,因为在第二次任务进行时,MS的AC模块会保留第一个任务中加载的分子,如果里面有分子(component1),则删除。
装填$loading个分子
5.第三,对得到的10帧构象进行几何优化,并找到最小能量帧
6.第四,找到最小能量帧,进行500ps的NPT系综下的MD
7.第五,对MD后的轨迹进行密度分析
三、总结
①通过自然数命名的手段可以实现多任务,但通过文件名称无法得知分子,当我们遇到这种情况时,可以采取将文件名存储在数组中,在循环体中逐个取出即可。
②对MD结束后的轨迹文件,可以进行多种数据分析,代码都不难写。