AMBER学习记录
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使用AMBER进行MD的学习记录
handsome213
某本科业余选手,辅修第二学位,目前正在攻读研究生
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WSL迁移至移动硬盘--使用AMBER
第三,导入分发至移动硬盘,这里G盘为移动硬盘。第四,恢复原来的wsl用户为默认用户。原创 2024-09-15 14:43:41 · 46 阅读 · 0 评论 -
AMBER轨迹结合VMD使用报错--problem reading crd file
使用cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd,将轨迹转换成DCD格式,即可在VMD中显示了。原创 2024-09-14 15:03:34 · 100 阅读 · 0 评论 -
WSL中使用VMD图形化界面
【代码】WSL中使用VMD图形化界面。原创 2024-09-13 11:20:10 · 310 阅读 · 0 评论 -
Amber学习---小分子肽段的MD(第一天)
首先进行能量最小化,其次在正则系综NVT下,20ps升温至298K,最后在标准状态下,NPT系综下,进行60ps的MD。标准的leaprc文件将HIS命名为HIE,因此,如果载入含残基HIS的PDB文件,则将该残基命名为HIE。设置得非常低, 这样才可以对这个很短的模拟进行分析. 使用这样的设置进行更长时间的MD模拟会产生非常大的输出文件和轨迹文件, 并且比常规MD设置更慢. 对于真正的成品MD, 需要增加。使用gedit打开文本编辑器,输入以下内容,并将文件命名为01_min.in。原创 2024-09-12 21:39:56 · 894 阅读 · 0 评论