1.使用VMD导入amber MD后的轨迹出错,显示problem reading crd file
2.解决办法
使用cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd,将轨迹转换成DCD格式,即可在VMD中显示了。
3.原因分析
查看转换过程,发现原来的AMBER轨迹是NetCDF,所以在VMD中也可以使用NetCDF格式导入amber轨迹
使用cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd,将轨迹转换成DCD格式,即可在VMD中显示了。
查看转换过程,发现原来的AMBER轨迹是NetCDF,所以在VMD中也可以使用NetCDF格式导入amber轨迹