Amber学习记录--VMD可视化amber轨迹

最新推荐文章于 2024-10-11 17:04:33 发布
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        接第一天的学习，今天对肽段MD后的轨迹进行分析，主要用到WSL的VMD可视化界面，关于如何在WSL中使用VMD可视化界面，参考WSL中使用VMD图形化界面-CSDN博客。

1 启动VMD

DISPLAY=:0 vmd

界面如下

2 可视化肽段的轨迹

         使用File -> New Molecule...创建一个新的分子。为New Molecule加载文件. 然后选择Amber参数和拓扑文件prmtop. 将文件类型设置为AMBER7.Parm. 点击Load。接下来为0: prmtop加载文件. 选择Amber轨迹文件03_prod.mdcrd. 将文件类型设置为AMBER Coordinates with Periodic Box. 点击Load.

注：此时有可能报错problem reading crd file，是因为轨迹文件是netcdf，解决办法参见AMBER轨迹结合VMD使用报错--problem reading crd file-CSDN博客

该图为不显示水的肽段

handsome213
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