2019年,世界范围内爆发了新型冠状病毒疫情,往日种种,历历在目。
新冠疫情虽然给全世界造成了巨大损失,但是我们也可以更清楚了解这种新病毒的机制,寻找有效治疗方法,当然也可以模拟这种病毒的攻击行为来做优化,比如埃及学者Asmaa M. Khalid提出了一种新的仿生优化算法——冠状病毒优化算法(COVIDOA)。关注公众号《智能制造与智能调度》,后台回复“新冠”获取MATLAB源代码。
灵感
新型冠状病毒病(COVID19)是一种由严重急性呼吸综合征-冠状病毒-2(SARS-CoV-2)引起的传染性呼吸道疾病。SARS-CoV-2属于冠状病毒家族,以其表面的冠状尖刺命名。
这种病毒最严重的问题是快速复制,它会产生数百万个自身副本,并将其传播给尽可能多的人类健康细胞。冠状病毒的复制机制激发了所提出的算法。为了使病毒得以复制,它要经过以下几个阶段:
病毒进入和脱壳
冠状病毒含有一组刺突(S)蛋白,它利用其刺突蛋白作为进入人类细胞的关键,该病毒的一个棘突物与一些人类细胞表面蛋白质结合。
一旦病毒进入宿主细胞,所有的结构蛋白被去除,病毒内容物,即基因组RNA,将被释放到宿主细胞的细胞质中。这个过程被称为病毒脱壳。
病毒复制
病毒基因组开始在宿主细胞中寻找一种称为核糖体的东西,核糖体通过核糖体移码技术将病毒RNA转化为许多病毒蛋白。
基因组翻译过程中的核糖体移码
核糖体移码也被称为翻译移码,是一种在翻译过程中发生的生物现象。这一现象通过单个信使RNA(mRNA)分子创造出多个独特的蛋白质。翻译是指mRNA(信使核糖核酸)分子向核糖体提供信息,进而形成蛋白质分子的过程。同时,移码是指RNA分子的特定阅读框转移到另一个阅读框,以提供新的蛋白质序列。
移码技术如上图所示,在复制过程中,病毒的mRNA通过阅读三核苷酸被翻译成病毒蛋白。每个三核苷酸被翻译成一个氨基酸。因此,通过移位(向后或向前)核苷酸序列的阅读框任意数量(不被3整除),将创造出不同的序列,这些序列将被翻译成不同的病毒蛋白。每一组新创造的病毒蛋白被合并以形成一个新的病毒粒子。根据这种技术,病毒可以创造出数百万个新的粒子。
在翻译中的核糖体中,移码可能导致无义突变或在移码后生成一种新蛋白。最常见的移码类型是-1移码和+1移码。
- -1移码
在-1移码中,在-1移码中,核糖体会向后滑动一个核苷酸(RNA字母),并在-1阅读框中继续翻译,如上图a所示。 - +1移码
当0为初始位置时,核糖体从+1阅读框开始翻译,如上图b所示。由于移码,序列会被不同地读取并翻译成不同的蛋白质。
基因组和亚基因组RNA物种的合成
核糖体移码技术产生两种类型的RNA,即基因组RNA和亚基因组RNA。基因组RNA通过复制过程产生,并成为新病毒粒子的基因组。同时,亚基因组RNA被翻译成多种结构蛋白(S:刺突蛋白,E:包膜蛋白,M:膜蛋白,N:核衣壳蛋白)。基因组RNA和亚基因组RNA结合形成一个病毒粒子。最终,新病毒粒子被释放,尝试劫持新的健康细胞。
病毒变异
随着冠状病毒在人与人之间传播,它们随机积累更多突变以逃避免疫系统。这些突变涉及更改代表病毒基因组的一个或多个字母。冠状病毒的突变率较低(约为每位点每周期概率为 1 0 − 6 10^{-6} 10−6),相比之下,流感病毒的突变率约为每位点每周期 3 × 1 0 − 5 3 \times 10^{-5} 3×10−5。冠状病毒的复制阶段如下图所示。
COVIDOA数学模型
COVIDOA算法主要包括以下几步:
- **初始化:**随机初始化解种群,对每个解进行评估,然后根据适应度函数对解按照降序排列,那么第一个解为最优解(假设为最大化问题)。
- **基于移码技术的病毒复制阶段:**对于种群中的每个解,通过轮盘赌选择出一个父代,然后:
(a)移码技术用于根据选择的父代生成多个蛋白质,步骤如下:
(b)对于每个蛋白质:
(i)如果使用+1移码技术,父代解的值向右移动1,第一个位置的值在 [ m i n V a l , m a x V a l ] [minVal,maxVal] [minVal,maxVal]区间内随机设置。
S k ( 1 ) = r a n d ( m i n V a l , m a