智能优化算法（源码）—新冠病毒算法（ Coronavirus Optimization Algorithm，COVIDOA）

2019年，世界范围内爆发了新型冠状病毒疫情，往日种种，历历在目。

新冠疫情虽然给全世界造成了巨大损失，但是我们也可以更清楚了解这种新病毒的机制，寻找有效治疗方法，当然也可以模拟这种病毒的攻击行为来做优化，比如埃及学者Asmaa M. Khalid提出了一种新的仿生优化算法——冠状病毒优化算法（COVIDOA）。关注公众号《智能制造与智能调度》，后台回复“新冠”获取MATLAB源代码。

灵感

新型冠状病毒病（COVID19）是一种由严重急性呼吸综合征-冠状病毒-2（SARS-CoV-2）引起的传染性呼吸道疾病。SARS-CoV-2属于冠状病毒家族，以其表面的冠状尖刺命名。

这种病毒最严重的问题是快速复制，它会产生数百万个自身副本，并将其传播给尽可能多的人类健康细胞。冠状病毒的复制机制激发了所提出的算法。为了使病毒得以复制，它要经过以下几个阶段：

病毒进入和脱壳

冠状病毒含有一组刺突(S)蛋白，它利用其刺突蛋白作为进入人类细胞的关键，该病毒的一个棘突物与一些人类细胞表面蛋白质结合。

一旦病毒进入宿主细胞，所有的结构蛋白被去除，病毒内容物，即基因组RNA，将被释放到宿主细胞的细胞质中。这个过程被称为病毒脱壳。

病毒复制

病毒基因组开始在宿主细胞中寻找一种称为核糖体的东西，核糖体通过核糖体移码技术将病毒RNA转化为许多病毒蛋白。

基因组翻译过程中的核糖体移码

核糖体移码也被称为翻译移码，是一种在翻译过程中发生的生物现象。这一现象通过单个信使RNA（mRNA）分子创造出多个独特的蛋白质。翻译是指mRNA（信使核糖核酸）分子向核糖体提供信息，进而形成蛋白质分子的过程。同时，移码是指RNA分子的特定阅读框转移到另一个阅读框，以提供新的蛋白质序列。

移码技术如上图所示，在复制过程中，病毒的mRNA通过阅读三核苷酸被翻译成病毒蛋白。每个三核苷酸被翻译成一个氨基酸。因此，通过移位（向后或向前）核苷酸序列的阅读框任意数量（不被3整除），将创造出不同的序列，这些序列将被翻译成不同的病毒蛋白。每一组新创造的病毒蛋白被合并以形成一个新的病毒粒子。根据这种技术，病毒可以创造出数百万个新的粒子。

在翻译中的核糖体中，移码可能导致无义突变或在移码后生成一种新蛋白。最常见的移码类型是-1移码和+1移码。

1. -1移码
   在-1移码中，在-1移码中，核糖体会向后滑动一个核苷酸（RNA字母），并在-1阅读框中继续翻译，如上图a所示。
2. +1移码
   当0为初始位置时，核糖体从+1阅读框开始翻译，如上图b所示。由于移码，序列会被不同地读取并翻译成不同的蛋白质。

基因组和亚基因组RNA物种的合成

核糖体移码技术产生两种类型的RNA，即基因组RNA和亚基因组RNA。基因组RNA通过复制过程产生，并成为新病毒粒子的基因组。同时，亚基因组RNA被翻译成多种结构蛋白（S：刺突蛋白，E：包膜蛋白，M：膜蛋白，N：核衣壳蛋白）。基因组RNA和亚基因组RNA结合形成一个病毒粒子。最终，新病毒粒子被释放，尝试劫持新的健康细胞。

病毒变异

随着冠状病毒在人与人之间传播，它们随机积累更多突变以逃避免疫系统。这些突变涉及更改代表病毒基因组的一个或多个字母。冠状病毒的突变率较低（约为每位点每周期概率为$10^{-6}$），相比之下，流感病毒的突变率约为每位点每周期$3\times 10^{-5}$。冠状病毒的复制阶段如下图所示。

COVIDOA数学模型

COVIDOA算法主要包括以下几步：

1. **初始化：**随机初始化解种群，对每个解进行评估，然后根据适应度函数对解按照降序排列，那么第一个解为最优解（假设为最大化问题）。
2. **基于移码技术的病毒复制阶段：**对于种群中的每个解，通过轮盘赌选择出一个父代，然后：
   
   （a）移码技术用于根据选择的父代生成多个蛋白质，步骤如下：
   
   （b）对于每个蛋白质：
   
       （i）如果使用+1移码技术，父代解的值向右移动1，第一个位置的值在$[minVal,maxVal]$区间内随机设置。
   S k ( 1 ) = r a n d ( m i n V a l , m a