r语言 predict(newdata) 出现变数长度不匹配问题

由于python的功能限制，最近开始入坑R，一开始就碰到了问题：

 

> csv_path_tra <- 'D:/pyproject/lymph2.0/Radiomics/svc/com_csv/com1_tra_results.csv' > df_tra <- read.csv(csv_path_tra) > head(df_tra) X radiomics cnn sex age source type 1 baoxinling_CT180821191 0.6194970 0.6837219 0 61 tra 1 2 bianmin_CT180301329 0.5477175 0.5722265 0 68 tra 1 3 biyunyou_CT180713237 0.5345409 0.6631875 1 62 tra 1 4 caodongsheng_CT180409759 0.5182320 0.6963705 1 64 tra 0 5 caojiechen_CT190515417 0.7949602 0.7241559 1 63 tra 1 6 chendedong_CT180326317 0.3026326 0.5044603 1 56 tra 0

>注意head信息

然后进行datadist

 

> factor_sex <- df_tra$sex
> factor_age <- df_tra$age
> factor_radiomics <- df_tra$radiomics
> factor_cnn <- df_tra$cnn
> factor_y <- df_tra$type
> ddist <- datadist(factor_sex, factor_age, factor_radiomics, factor_cnn)
> options(datadist='ddist')

构建模型

f_ra <- lrm(factor_y ~ factor_sex+factor_age+factor_radiomics, x=TRUE,y=TRUE)

读入验证集数据

 

> csv_path_val <-'D:/pyproject/lymph2.0/Radiomics/svc/com_csv/com1_val_results.csv'
> df_val <- read.csv(csv_path_val)

> head(df_val)

 

                        X  radiomics       cnn sex age source type
1     anyuecheng_CT520041 0.58804122 0.5453967   1  65    val    1
2      cuijingbo_CT438275 0.09057203 0.4605141   0  64    val    0

变量名与训练集数据一样，接下来做预测

 

> fp <- predict(f_ra, newdata=df_val, type="fitted")
Warning message:
'newdata'必需有60行 但变量里有180行 

这里就出问题了，这会导致还是在训练集上进行预测

然后本人也是快崩溃地搞了2天，终于发现问题出在datadist这里，再把这部分看一下

原因就是datadist里面的变量名与验证集上变量名不一样。而训练集因为取出的时候重新命名了所以没有影响，接下来，我们把这部分代码修改一下

sex <- df_tra$sex
age <- df_tra$age
radiomics <- df_tra$radiomics
cnn <- df_tra$cnn
y <- df_tra$type

#构建模型
ddist <- datadist(sex, age, radiomics, cnn)
options(datadist='ddist')
f_ra <- lrm(y ~ sex+age+radiomics, x=TRUE,y=TRUE)

再做预测：

 

fp <- predict(f_ra, newdata=df_val, type="fitted")

ok,成功运行