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下面是从github拔下来的dockerfile，把执行不通过的注释掉了，目前编译出来的还是root用户，尚未修改。build_docker.sh 在官方的github仓库中找。gatk的官方docker是root用户，想用自定义的用户。proxychains是为了下载一些文件。

编译前需要安装依赖库 DBIwget https://cpan.metacpan.org/authors/id/D/DV/DVEEDEN/DBD-mysql-4.050.tar.gz解压 perl Makefile.PL make make test make test TEST_VERBOSE=1 (if any of the t/* tests fail) sudo make install (if the tests look okay)ubuntu

背景作者是一个没有生信背景知识的程序员，近期对全外显子测序有些感兴趣，因此记录一下学习过程，和大家共同进步。预备知识WES基础知识什么是基因什么是DNA二代测序基础知识等位基因软件安装bwagit clone https://github.com/lh3/bwa.gitcd bwamake由于bwa的makefile没有写intall的脚本，所以我们直接将编译的目录加入到环境变量中，vim ~/.bashrcexport PATH=${PATH}:/usr/local/cud