OS: Windows 7 32 bit
mysql: 安装wampserver是自动配置的php+mysql
step1. 安装和配置合适的ODBC驱动
在 https://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc/下载合适你OS平台的版本安装,本次是 Windows (x86, 32-bit), MSI Installer 版本
在windows下为mysql在odbc添加数据源:控制面板--------->管理工具--------->数据源(odbc)-------->用户DNS--------->添加
--------->选择mysql odbc driver-------->确定-------->填上data source name,IP server,user,password,database------->test和ok
(备注:凡是wampserver自带的mysql的IP地址为127.0.0.1,data source name随便起一般为mysql)
step2. 在R中连接mysql
安装包 install.packages("RODBC")
载入包 library(RODBC)
连接mysql myconnection<-odbcConnect("mysql",uid="",pwd="") #也可以写root,和它的password
mysql查询 sqlQuery(myconnection,"select * from gene limit 1")#把结果显示在标准输出端或者写入变量
queryresult<-sqlQuery(myconnection,"select * from gene limit 1")
整张表导入数据框 mydata<-sqlFetch(myconnection,"gene")
关闭连接 close(myconnection)
另一种R连接mysql的方法
基于DBI包连接R,用RMySQL包。
library(DBI)
library(RMySQL)
dbListTables(con) #show tables;
con<-dbConnect(RMySQL::MySQL(), dbname = "test_gaojw") #build the connection
rs<-dbSendQuery(con,"select * from gene limit 1;") #query request
mydataframe<-dbFetch(rs) #fetch result
dbClearResult(rs) #clear the select request
dbRemoveTable(con, "gene") #drop table
dbDisconnect(con) #cut off connection